PDB-5ycv: X-Ray Structure of Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Baci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ycv

タイトル

X-Ray Structure of Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Bacillus Anthracis (Apo form)

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

キーワード

OXIDOREDUCTASE / antibacterail / fabI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / NADP+ binding / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / small molecule binding / catalytic complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.851 Å

データ登録者

Kim, H.T.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the dimer-tetramer transition of FabI from Bacillus anthracis
著者: Kim, H.T. / Kim, S. / Na, B.K. / Chung, J. / Hwang, E. / Hwang, K.Y.

履歴

登録	2017年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ycv.cif.gz	206.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ycv.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ycv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ycv_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ycv_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	5ycv_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	5ycv_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ycrC 5ycsC 5ycxC 2qioS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bnj-2 4d41-2 4d44-1 4d45-1 6tbb-1 4d44-2 4cv1-2 2qio-d 4cv1-1 3gr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.905, 106.905, 75.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / ENR / NADH-dependent enoyl-ACP reductase 分子量: 27916.555 Da / 分子数: 4 / 変異: no / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: fabI, BC_1216 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q81GI3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / ENR / NADH-dependent enoyl-ACP reductase

分子量: 27916.555 Da / 分子数: 4 / 変異: no / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: fabI, BC_1216
発現宿主:

Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q81GI3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20-45%(w/v) pentaerythritol proproxlyate (5/4 PO/OH), 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 82532 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.026 / R_sym value: 0.047 / Χ²: 1.998 / Net I/σ(I): 45.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 4074 / CC_1/2: 0.899 / R_pim(I) all: 0.213 / R_sym value: 0.424 / Χ²: 1.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QIO

2qio

解像度: 1.851→39.523 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	4135	5.01 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.1806	82500	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.851→39.523 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7710	0	0	409	8119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7808
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	10550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.72	2838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1383

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8514-1.8724	0.2635	140	0.2151	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8724-1.8944	0.2613	123	0.2198	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8944-1.9175	0.295	130	0.2114	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9175-1.9418	0.278	118	0.2195	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9418-1.9674	0.2852	136	0.2137	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9674-1.9943	0.2983	143	0.2061	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9943-2.0228	0.2529	119	0.201	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0228-2.053	0.244	151	0.189	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.053-2.0851	0.2074	142	0.195	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0851-2.1192	0.251	138	0.1898	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1192-2.1558	0.2296	150	0.1862	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1558-2.195	0.2168	131	0.1869	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.2372	0.2341	130	0.1891	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2372-2.2829	0.2367	166	0.1966	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2829-2.3325	0.23	145	0.1907	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3325-2.3867	0.2799	129	0.2039	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3867-2.4464	0.2561	126	0.2064	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4464-2.5126	0.2314	143	0.2003	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5126-2.5865	0.2278	150	0.1849	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5865-2.6699	0.2262	143	0.1881	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6699-2.7654	0.2119	130	0.1774	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7654-2.876	0.2219	161	0.1904	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-3.0069	0.2144	142	0.1783	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0069-3.1654	0.2274	134	0.1858	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1654-3.3636	0.222	135	0.1759	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3636-3.6231	0.2084	152	0.173	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6231-3.9874	0.1915	127	0.1587	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9874-4.5637	0.2026	129	0.1485	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5637-5.7469	0.1951	134	0.1607	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7469-39.5317	0.1935	138	0.1651	2506	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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