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- PDB-5ycr: X-Ray Structure of Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ycr
タイトルX-Ray Structure of Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase from Bacillus Anthracis with NAD+
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
キーワードOXIDOREDUCTASE / antibacterial / fabI
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / NADP+ binding / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / small molecule binding / catalytic complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kim, H.T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the dimer-tetramer transition of FabI from Bacillus anthracis
著者: Kim, H.T. / Kim, S. / Na, B.K. / Chung, J. / Hwang, E. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,76123
ポリマ－111,6664
非ポリマー4,09519
水11,331629
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21120 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area35440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.566, 126.566, 185.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-516-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / ENR / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 27916.555 Da / 分子数: 4 / 変異: no / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NAD+
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: fabI, BC_1216
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q81GI3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M Na acetate, pH 4.6, 2M AMS

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Ambient temp details: 100
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 123405 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 6129 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.169 / Rsym value: 0.495 / Χ2: 1.081 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QIO

2qio


解像度: 1.96→41.037 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 18.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 6192 5.02 %
Rwork0.1765 --
obs0.1779 123368 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→41.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7648 0 251 629 8528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02610845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1852963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9602-1.98250.33322210.28693847X-RAY DIFFRACTION100
1.9825-2.00580.2961960.26543889X-RAY DIFFRACTION100
2.0058-2.03030.24822010.25063824X-RAY DIFFRACTION100
2.0303-2.0560.26962100.24623866X-RAY DIFFRACTION100
2.056-2.0830.2632240.23683866X-RAY DIFFRACTION100
2.083-2.11150.25812080.22693857X-RAY DIFFRACTION100
2.1115-2.14170.23281730.20693886X-RAY DIFFRACTION100
2.1417-2.17370.2321990.20353896X-RAY DIFFRACTION100
2.1737-2.20760.24622150.19323859X-RAY DIFFRACTION100
2.2076-2.24380.20252050.18023874X-RAY DIFFRACTION100
2.2438-2.28250.19971980.17623864X-RAY DIFFRACTION100
2.2825-2.3240.22742120.183887X-RAY DIFFRACTION100
2.324-2.36870.19851900.18113891X-RAY DIFFRACTION100
2.3687-2.41710.22962230.17733879X-RAY DIFFRACTION100
2.4171-2.46960.20932280.16823857X-RAY DIFFRACTION100
2.4696-2.5270.20672110.1723871X-RAY DIFFRACTION100
2.527-2.59020.18691860.16633920X-RAY DIFFRACTION100
2.5902-2.66030.2172140.16993903X-RAY DIFFRACTION100
2.6603-2.73850.20381960.15783896X-RAY DIFFRACTION100
2.7385-2.82690.19161870.16653889X-RAY DIFFRACTION100
2.8269-2.92790.18672260.16613900X-RAY DIFFRACTION100
2.9279-3.04510.21312100.16583914X-RAY DIFFRACTION100
3.0451-3.18360.18032010.17343898X-RAY DIFFRACTION100
3.1836-3.35140.18992390.1633917X-RAY DIFFRACTION100
3.3514-3.56130.18891950.16363936X-RAY DIFFRACTION100
3.5613-3.83610.18942130.16173946X-RAY DIFFRACTION100
3.8361-4.22170.16261890.14693996X-RAY DIFFRACTION100
4.2217-4.83180.17992000.14433957X-RAY DIFFRACTION100
4.8318-6.08440.18512080.17614047X-RAY DIFFRACTION100
6.0844-41.04610.21642140.18744144X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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