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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yc9
タイトルCrystal structure of a Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator
要素C-di-GMP-binding multidrug transporter transcriptional regulator BrlR
キーワードTRANSCRIPTION / Pseudomonas aeruginosa / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integron-associated effector binding protein / Integron-associated effector binding protein / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 ...Integron-associated effector binding protein / Integron-associated effector binding protein / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator / Transcriptional regulator BrlR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Harikiran, R. / Rohan, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator
著者: Harikiran, R. / Sundararajan, R. / Sharma, R.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-di-GMP-binding multidrug transporter transcriptional regulator BrlR
B: C-di-GMP-binding multidrug transporter transcriptional regulator BrlR
C: C-di-GMP-binding multidrug transporter transcriptional regulator BrlR
D: C-di-GMP-binding multidrug transporter transcriptional regulator BrlR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,7594
ポリマ－133,7594
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14320 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area53420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.642, 111.642, 261.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
C-di-GMP-binding multidrug transporter transcriptional regulator BrlR / Multidrug-efflux transporter 1 regulator / Transcriptional regulator


分子量: 33439.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: bmrR, brlR, AO964_25340, AOY09_00728, CAZ10_02115, CGU42_14110, CWI21_27955, PAERUG_E15_London_28_01_14_00871, RW109_RW109_06470
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q416, UniProt: Q9HUT5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
解説: the entry contains Friedel pairs in I_Plus/Minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% v/v 1,4-Dioxane, 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. obs: 60294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 18.71
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2875)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→34.323 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 56.84 / 位相誤差: 33.88 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: the entry contains Friedel pairs in I_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 3949 6.55 %
Rwork0.268 --
obs0.2715 60294 74.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8290 0 0 0 8290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9058-2.95590.4168340.3862577X-RAY DIFFRACTION14
2.9559-3.00960.4219510.3621811X-RAY DIFFRACTION20
3.0096-3.06740.3738700.37871186X-RAY DIFFRACTION30
3.0674-3.12990.4135890.35071703X-RAY DIFFRACTION43
3.1299-3.19790.40791100.34812083X-RAY DIFFRACTION51
3.1979-3.27220.39661260.32242146X-RAY DIFFRACTION54
3.2722-3.35390.34481290.31862307X-RAY DIFFRACTION58
3.3539-3.44440.33381450.31452522X-RAY DIFFRACTION64
3.4444-3.54550.34121880.2862923X-RAY DIFFRACTION73
3.5455-3.65980.35211950.28183348X-RAY DIFFRACTION83
3.6598-3.79030.27172230.26873696X-RAY DIFFRACTION91
3.7903-3.94160.25242100.27313735X-RAY DIFFRACTION93
3.9416-4.12050.35552120.26373763X-RAY DIFFRACTION94
4.1205-4.3370.30992120.25323743X-RAY DIFFRACTION94
4.337-4.60760.30122150.22843782X-RAY DIFFRACTION94
4.6076-4.96160.252140.21553741X-RAY DIFFRACTION94
4.9616-5.45770.27432120.2533793X-RAY DIFFRACTION94
5.4577-6.23990.34222260.28363796X-RAY DIFFRACTION94
6.2399-7.83360.24992140.26793722X-RAY DIFFRACTION94
7.8336-28.17930.29411970.25673605X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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