PDB-5ybz: High resolution structure of complement C1q-like protein 3 C1q domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ybz

タイトル

High resolution structure of complement C1q-like protein 3 C1q domain

要素

Complement C1q-like protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic density assembly / collagen trimer / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse organization / synaptic cleft / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.711 Å

データ登録者

Liu, H. / Li, Z. / Xu, F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of complement C1q-like protein 3 C1q domain
著者: Liu, H. / Li, Z. / Xu, F.

履歴

登録	2017年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ybz.cif.gz	181.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ybz.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ybz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5ybz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5ybz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pk6-d 5hzf-d 2jg9-2 2jg8-1 5hba-d 5yae-d 2jg9-1 6g1j-d 5wh8-d 5mt2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement C1q-like protein 3

C: Complement C1q-like protein 3

D: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

46.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.027, 79.213, 87.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ACD

#1: タンパク質	Complement C1q-like protein 3 / C1q and tumor necrosis factor-related protein 13 / CTRP13 / Gliacolin 分子量: 15111.691 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 125-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql3, C1ql, Ctrp13 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ESN4

-
非ポリマー , 6種, 351分子

#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, manganese chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.711→50 Å / Num. obs: 40768 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.122 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.711→1.76 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1976 / Χ²: 0.919 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.711→22.074 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	2041	5.01 %
R_work	0.1519	-	-
obs	0.1537	40699	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.711→22.074 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3152	0	56	336	3544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3322
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	4513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.49	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.711-1.7508	0.3227	121	0.2453	2076	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7508-1.7946	0.23	122	0.1999	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7946-1.8431	0.2054	130	0.1714	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8431-1.8973	0.2319	138	0.1598	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8973-1.9585	0.2003	149	0.1614	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9585-2.0284	0.1822	151	0.1476	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0284-2.1096	0.2012	126	0.1443	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1096-2.2055	0.1844	133	0.1484	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2055-2.3217	0.1921	125	0.1487	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3217-2.467	0.1787	128	0.1539	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.467-2.6571	0.1952	126	0.1531	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6571-2.924	0.1765	160	0.1517	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.3458	0.1703	154	0.1417	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3458-4.2106	0.172	136	0.1292	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2106-22.076	0.1705	142	0.1587	2791	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3333	-1.7602	0.8526	5.3062	0.8748	1.2386	0.0409	0.1591	-0.3872	-0.3907	-0.0333	-0.1116	0.3655	-0.0587	0.0314	0.2515	-0.041	0.068	0.1298	-0.0185	0.1958	-12.2763	-13.6943	-0.6941
2	4.3273	-0.5632	2.1926	3.1798	-0.7021	5.9765	-0.0691	-0.0108	-0.0961	0.3547	0.0112	0.4992	-0.2117	-0.3305	0.0471	0.1156	0.0078	0.0508	0.1488	0.007	0.1571	-20.5661	6.1734	10.0383
3	2.281	-0.8414	0.851	3.7097	-4.25	5.3893	0.0439	-0.0484	-0.114	-0.1318	0.1313	0.336	0.1705	-0.2068	-0.1434	0.0896	-0.04	-0.005	0.1438	-0.0131	0.1708	-20.4051	-7.0156	4.6708
4	1.0085	-0.0478	0.2567	4.29	-0.8064	0.8158	-0.0152	-0.0534	-0.0255	0.0834	-0.0298	0.0622	-0.012	-0.0757	0.0419	0.0592	-0.0083	0.018	0.0939	-0.0039	0.0725	-10.5766	1.2985	9.7818
5	5.381	1.3869	-1.0864	5.0807	-3.562	6.8829	-0.0483	-0.309	-0.0118	0.4384	-0.352	-0.2927	0.0969	0.2559	0.372	0.0974	-0.0044	-0.0094	0.1281	-0.0223	0.059	-5.146	4.1714	14.6109
6	1.5469	-2.1292	0.4199	3.7744	-1.3524	1.0301	0.032	-0.0103	0.1243	-0.0955	-0.0798	-0.1579	0.014	0.0131	0.0502	0.0624	-0.0047	-0.0195	0.086	-0.0065	0.0808	-7.05	7.827	6.5302
7	1.6802	1.045	-0.3223	3.9288	-0.8992	2.4323	0.0516	-0.1438	-0.1147	0.5785	-0.1158	0.1514	0.0032	-0.2645	0.0561	0.1216	-0.0285	0.036	0.1601	0.0025	0.089	-12.818	-6.2006	14.4073
8	0.7612	-0.0155	-0.083	4.0249	0.5019	1.699	-0.06	0.0163	-0.0656	0.0384	0.0334	0.0315	0.027	-0.0913	0.0044	0.037	-0.0316	0.0147	0.1153	-0.0043	0.0855	-13.1351	0.0824	3.6748
9	2.9014	-0.1858	1.3525	6.7543	-0.0085	2.4215	-0.081	0.103	-0.7241	-0.2045	0.1449	-0.1904	0.5864	-0.1295	-0.0521	0.2824	-0.0398	0.0734	0.1603	-0.0634	0.2209	-0.3135	-8.1146	-11.7884
10	4.607	-1.0445	1.6812	5.8527	0.6264	5.7226	-0.0217	0.4012	0.278	-0.4874	-0.0121	-0.0467	-0.095	-0.142	0.0114	0.1663	-0.0261	0.0099	0.1691	0.0263	0.0615	-3.4191	11.7479	-17.3399
11	0.4503	0.3251	0.3563	0.3541	0.2654	0.93	-0.2309	0.2514	-0.2316	-0.1097	-0.088	-0.0295	0.3907	-0.1527	-0.7567	0.3039	-0.0908	0.094	0.2169	-0.1779	0.0784	-2.8154	-4.1397	-17.9896
12	1.5205	-0.0377	-0.1025	3.0993	1.021	1.3933	-0.051	0.189	0.1155	-0.32	0.0364	-0.0009	-0.0248	-0.0974	-0.0006	0.0983	-0.0138	-0.0114	0.1289	0.0049	0.065	-8.4564	8.3467	-8.9324
13	3.3995	-0.8384	-1.0059	2.8781	-0.3847	3.3233	0.0859	0.2933	-0.0492	-0.1891	-0.0397	0.3363	0.2416	-0.284	0.0643	0.0728	0.0122	-0.037	0.1207	0.0219	0.0764	-14.5217	8.6967	-6.5229
14	9.306	-5.8726	-4.1391	3.7062	2.5991	5.5624	0.1849	-0.0192	0.7319	-0.1524	0.0412	-0.2299	-0.2213	-0.0343	-0.2303	0.1122	0.0003	0.0008	0.1194	-0.0077	0.1763	-2.3595	22.7835	-2.1908
15	1.1252	0.1097	-0.1232	1.8471	0.4498	1.059	-0.1856	0.3078	-0.0764	-0.2556	0.1175	0.0045	0.2139	-0.1198	0.0159	0.1481	-0.045	-0.0007	0.1494	-0.0309	0.0768	-6.2858	2.0278	-10.4547
16	1.7426	-1.597	0.1153	3.6951	-0.9219	4.4229	0.1257	0.0825	-0.5842	-0.4087	-0.4183	0.1089	0.5847	-0.3163	0.2272	0.1746	-0.006	0.0395	0.1553	-0.0079	0.3322	3.279	-14.2159	4.4186
17	7.5847	1.4514	-1.8576	3.301	-2.4417	2.4632	0.2628	-0.609	0.3819	0.7643	-0.1923	-0.5043	-0.6297	0.4962	-0.0642	0.2826	-0.049	-0.1009	0.2315	0.0024	0.2668	12.3582	5.7942	12.3391
18	1.376	-0.3479	-1.3328	0.0915	0.4301	4.0329	-0.1353	-0.1658	-0.2846	0.1422	0.035	-0.184	0.3641	0.2582	0.0966	0.1461	0.0295	-0.023	0.1344	0.0522	0.2978	10.9081	-8.8029	7.0511
19	1.3306	-0.0951	-0.2197	1.0862	-0.7814	0.6295	0.0834	-0.0127	-0.062	0.0757	-0.1071	-0.3061	-0.0823	0.0416	-0.0166	0.0588	0.0004	0.002	0.0965	-0.0017	0.1276	7.6388	6.5325	1.2683
20	3.1663	1.5145	1.4412	3.0981	-2.0423	3.7943	0.0191	-0.1937	0.2888	0.005	-0.0678	0.1229	-0.4224	-0.086	-0.0758	0.0539	-0.0426	0.0066	0.1315	-0.006	0.1501	5.7666	14.1772	-0.2409
21	3.4149	-1.2572	-0.6678	3.1051	1.5524	4.0557	-0.0561	-0.0172	-0.1485	-0.0297	-0.1573	0.1765	-0.1764	-0.0635	0.1681	0.0535	-0.0201	0.0144	0.0589	0.0232	0.0532	3.6287	3.8689	-0.2516
22	2.0456	-0.6677	-0.6352	3.6809	1.0249	1.3812	0.0473	-0.0997	-0.2674	0.0419	-0.0915	-0.15	0.0482	0.0142	0.0191	0.0698	0.01	-0.026	0.1064	0.0295	0.1424	7.3437	-0.7994	4.3753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 121 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 133 through 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 147 through 162 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 163 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 205 through 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 231 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 232 through 256 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 124 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 133 through 146 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 147 through 168 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 169 through 195 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 196 through 204 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 205 through 211 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 212 through 255 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 121 through 132 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 133 through 146 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 147 through 168 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 169 through 195 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 196 through 209 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 210 through 221 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 222 through 256 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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