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- PDB-5ybl: Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AusE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ybl
タイトルFe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AusE
要素Multifunctional dioxygenase ausE
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-kegoglutarate-dependent dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


austinol biosynthetic process / dehydroaustinol biosynthetic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / terpenoid biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Multifunctional dioxygenase ausE
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.108 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Senda, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure function and engineering of multifunctional non-heme iron dependent oxygenases in fungal meroterpenoid biosynthesis.
著者: Nakashima, Y. / Mori, T. / Nakamura, H. / Awakawa, T. / Hoshino, S. / Senda, M. / Senda, T. / Abe, I.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional dioxygenase ausE
B: Multifunctional dioxygenase ausE
C: Multifunctional dioxygenase ausE
D: Multifunctional dioxygenase ausE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,08710
ポリマ－140,5754
非ポリマー5126
水4,756264
1
A: Multifunctional dioxygenase ausE
D: Multifunctional dioxygenase ausE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5435
ポリマ－70,2872
非ポリマー2563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
2
B: Multifunctional dioxygenase ausE
C: Multifunctional dioxygenase ausE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5435
ポリマ－70,2872
非ポリマー2563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.342, 223.923, 53.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Multifunctional dioxygenase ausE / Austinol synthesis protein E


分子量: 35143.730 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 6-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ausE, AN9246 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AR34, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q5AR34, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.414 Å / Num. obs: 75992 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.108→48.414 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 32.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 3888 5.12 %
Rwork0.2139 --
obs0.2166 75882 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.108→48.414 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7863 0 24 264 8151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97710985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0964780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1086-2.1450.30621550.29863341X-RAY DIFFRACTION86
2.145-2.1840.34741860.2983590X-RAY DIFFRACTION95
2.184-2.2260.31321740.28143508X-RAY DIFFRACTION92
2.226-2.27140.31971730.27913580X-RAY DIFFRACTION94
2.2714-2.32080.31391970.2753558X-RAY DIFFRACTION93
2.3208-2.37480.33112220.27443528X-RAY DIFFRACTION93
2.3748-2.43420.31341940.26733562X-RAY DIFFRACTION93
2.4342-2.50.34041610.26183616X-RAY DIFFRACTION95
2.5-2.57350.30511920.26313553X-RAY DIFFRACTION93
2.5735-2.65660.28571980.25443610X-RAY DIFFRACTION94
2.6566-2.75160.32392160.24383554X-RAY DIFFRACTION93
2.7516-2.86170.2781860.23873605X-RAY DIFFRACTION94
2.8617-2.99190.32182150.22433605X-RAY DIFFRACTION93
2.9919-3.14960.25862080.2193591X-RAY DIFFRACTION93
3.1496-3.34690.25171700.20433668X-RAY DIFFRACTION95
3.3469-3.60530.25032080.19253606X-RAY DIFFRACTION93
3.6053-3.96790.23282130.17843607X-RAY DIFFRACTION93
3.9679-4.54170.21731800.15693708X-RAY DIFFRACTION95
4.5417-5.72070.19761940.17353742X-RAY DIFFRACTION95
5.7207-48.42710.26512030.20653893X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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