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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ybj | |||||||||
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タイトル | Structure of apo KANK1 ankyrin domain | |||||||||
要素 | KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1 | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of lamellipodium morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / podocyte cell migration / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of wound healing ...negative regulation of lamellipodium morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / podocyte cell migration / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of wound healing / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / beta-catenin binding / ruffle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / actin cytoskeleton organization / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / 細胞骨格 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.341 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo, Q. / Liao, S. / Min, J. / Xu, C. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: Structural basis for the recognition of kinesin family member 21A (KIF21A) by the ankyrin domains of KANK1 and KANK2 proteins. 著者: Guo, Q. / Liao, S. / Zhu, Z. / Li, Y. / Li, F. / Xu, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ybj.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ybj.ent.gz | 42.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ybj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5ybj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5ybj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27310.148 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1080-1329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KANK1, ANKRD15, KANK, KIAA0172 発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他) 参照: UniProt: Q14678 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→44.99 Å / Num. obs: 12363 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 28.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.341→44.99 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.341→44.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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