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- PDB-5yb1: Structure and function of human serum albumin-metal agent complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yb1
タイトルStructure and function of human serum albumin-metal agent complex
要素Serum albumin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / albumin / metal complex / pro-drug / drug carrier / target therapy
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8ZR / PALMITIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.616 Å
データ登録者Yang, F. / Wang, T. / Wang, J. / Gou, Y. / Zhang, Z.L.
引用ジャーナル: Mol. Pharm. / 年: 2018
タイトル: Developing an Anticancer Copper(II) Multitarget Pro-Drug Based on the His146 Residue in the IB Subdomain of Modified Human Serum Albumin.
著者: Wang, J. / Gou, Y. / Zhang, Z. / Yu, P. / Qi, J. / Qin, Q. / Sun, H. / Wu, X. / Liang, H. / Yang, F.
履歴
登録2017年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,59118
ポリマ－132,4302
非ポリマー4,16216
水64936
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2969
ポリマ－66,2151
非ポリマー2,0818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2969
ポリマ－66,2151
非ポリマー2,0818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area30110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.492, 95.653, 96.642
Angle α, β, γ (deg.)104.67, 101.43, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66214.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Pichia kudriavzevii (酵母) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-8ZR / ~{N},~{N},12-trimethyl-3$l^{3}-thia-1$l^{4},5,6$l^{4}-triaza-2$l^{3}-cupratricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),3,6,9,11-pentaen-4-amine


分子量: 285.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14CuN4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, MPD, DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.616→33 Å / Num. obs: 38702 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.616→2.68 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bJ5

1bj5


解像度: 2.616→33 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 1948 5.03 %
Rwork0.2187 --
obs0.2216 38702 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.616→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9249 0 270 36 9555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059723
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8113064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3356144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.616-2.68140.36461380.30542574X-RAY DIFFRACTION96
2.6814-2.75390.3881460.31912656X-RAY DIFFRACTION98
2.7539-2.83480.40211330.30252591X-RAY DIFFRACTION98
2.8348-2.92630.43051180.3142689X-RAY DIFFRACTION98
2.9263-3.03080.3171370.29712592X-RAY DIFFRACTION99
3.0308-3.1520.39621600.2992639X-RAY DIFFRACTION99
3.152-3.29530.32851630.28082607X-RAY DIFFRACTION99
3.2953-3.46890.31361380.26912674X-RAY DIFFRACTION99
3.4689-3.68590.30721350.23572632X-RAY DIFFRACTION99
3.6859-3.970.23631520.20892642X-RAY DIFFRACTION99
3.97-4.36860.25011220.17832676X-RAY DIFFRACTION99
4.3686-4.99870.19951300.16952645X-RAY DIFFRACTION99
4.9987-6.28980.26171350.19762662X-RAY DIFFRACTION99
6.2898-31.78260.21971410.15692475X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.461 Å / Origin y: -23.6665 Å / Origin z: 15.1391 Å
111213212223313233
T0.3615 Å20.0248 Å2-0.0121 Å2-0.4682 Å2-0.0101 Å2--0.4203 Å2
L0.0449 °20.1415 °2-0.0394 °2-0.7388 °2-0.1747 °2--0.3 °2
S-0.0008 Å °-0.0028 Å °-0.0524 Å °-0.0001 Å °-0.039 Å °-0.2097 Å °0.003 Å °-0.0054 Å °0.0529 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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