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- PDB-5yax: Crystal structure of a human neutralizing antibody bound to a HBV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yax
タイトルCrystal structure of a human neutralizing antibody bound to a HBV preS1 peptide
要素
  • Large envelope protein
  • scFv1 antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / HBV / NTCP / preS1 / antibody / Fc receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large envelope protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, X. / Zheng, S. / Ye, K. / Sui, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A potent human neutralizing antibody Fc-dependently reduces established HBV infections
著者: Li, D. / He, W. / Liu, X. / Zheng, S. / Qi, Y. / Li, H. / Mao, F. / Liu, J. / Sun, Y. / Pan, L. / Du, K. / Ye, K. / Li, W. / Sui, J.
履歴
登録2017年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv1 antibody
B: scFv1 antibody
C: Large envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0184
ポリマ－57,9953
非ポリマー231
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.670, 55.662, 67.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-101-

NA

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要素

#1: 抗体 scFv1 antibody


分子量: 25737.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: scFv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Large envelope protein


分子量: 6520.975 Da / 分子数: 1 / Fragment: PreS1 peptide, UNP residues 2-59 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
株: isolate S472-20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CXZ0
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 19392 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.656 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 886 / Χ2: 1.114 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→19.923 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2879 937 5.13 %
Rwork0.2424 --
obs0.2448 18261 94.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3513 0 1 227 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5724893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3511272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003631
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63150.35241450.29452502X-RAY DIFFRACTION99
2.6315-2.7960.49351250.37392391X-RAY DIFFRACTION93
2.796-3.01120.29481380.26872567X-RAY DIFFRACTION100
3.0112-3.3130.29371450.24992589X-RAY DIFFRACTION100
3.313-3.78950.28771140.24612188X-RAY DIFFRACTION84
3.7895-4.76360.21421470.17312301X-RAY DIFFRACTION88
4.7636-19.9240.20591230.18422786X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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