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万見
- PDB-1y67: Crystal Structure of Manganese Superoxide Dismutase from Deinococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y67
タイトルCrystal Structure of Manganese Superoxide Dismutase from Deinococcus radiodurans
要素Manganese Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE DISMUTASE / MANGANESE ENZYME / METALLOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Mn]
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Chan, S. / Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Perry, L.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Manganese Superoxide Dismutase from Deinococcus radiodurans
著者: Chan, S. / Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Perry, L.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Refinement of Macromolecular Structures by the Maximum-Likelihood Method
著者: Murshudov, G.N.
履歴
登録2004年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Manganese Superoxide dismutase
B: Manganese Superoxide dismutase
C: Manganese Superoxide dismutase
D: Manganese Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1058
ポリマ－101,8814
非ポリマー2234
水7,134396
1
A: Manganese Superoxide dismutase
B: Manganese Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0524
ポリマ－50,9412
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Manganese Superoxide dismutase
D: Manganese Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0524
ポリマ－50,9412
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.801, 87.922, 116.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer formed from either chains A and B or chains C and D.

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要素

#1: タンパク質
Manganese Superoxide dismutase / MnSOD


分子量: 25470.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: sodA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9RUV2, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 200mM ammonium acetate (pH 7.1) 20%(w/v) PEG3350, 0.3M NaCl, 0.3M imidazole, 20mM Tris (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→119.5 Å / Num. all: 74526 / Num. obs: 74526 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7437 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VEW

1vew


解像度: 1.853→119.523 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.212 / WRfactor Rwork: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3697 4.961 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
all0.185 74526 --
obs0.185 74526 99.559 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.903 Å20 Å2-1.797 Å2
2---0.959 Å20 Å2
3----1.016 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.205 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.853→119.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6565 0 4 396 6965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0931.9189172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2125825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44324.83352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.946151029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1971529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.22992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.24663
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.541.54241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86226570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44632933
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2794.52602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.853-1.9010.2792660.2415071554996.179
1.901-1.9530.2422830.225039533199.831
1.953-2.0090.2352370.1995007524599.981
2.009-2.0710.2392600.1944804506599.98
2.071-2.1390.2262450.19146734918100
2.139-2.2140.2152270.1874524475299.979
2.214-2.2980.2022230.1854403462799.978
2.298-2.3910.2092290.19141824411100
2.391-2.4980.2352070.1914016422499.976
2.498-2.620.2192140.19438594073100
2.62-2.7610.221820.1993716390099.949
2.761-2.9290.2371740.1923475365199.945
2.929-3.1310.2021650.1923287345399.971
3.131-3.3810.1911530.1833053320799.969
3.381-3.7040.1881530.1722776293999.66
3.704-4.1410.1991320.1522528268199.217
4.141-4.780.1671150.1522240237199.325
4.78-5.8520.173920.181905200599.601
5.852-8.2660.192900.1951466156499.488
8.266-119.5230.147500.17680589096.067
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66030.34110.5032.47640.37811.5235-0.0502-0.0190.0351-0.31580.00770.0475-0.04910.06610.0424-0.1359-0.02490.0135-0.1242-0.0019-0.1349-9.949416.496214.235
21.4630.26521.11581.91440.17772.524-0.1047-0.08250.1760.1919-0.081-0.0461-0.29490.01070.1857-0.1419-0.0441-0.0023-0.1051-0.031-0.14910.30527.959439.7315
31.29650.32480.47722.03451.15122.37830.03550.2108-0.0167-0.16210.146-0.06710.00030.0197-0.1815-0.1447-0.0044-0.0157-0.0939-0.0078-0.16088.388826.493272.5899
41.20850.19240.56071.35540.35881.77430.17230.0062-0.19390.34590.0118-0.12970.3405-0.0201-0.18410.0373-0.0063-0.1017-0.20630.0129-0.117316.966118.79100.5325
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 932 - 94
21AA97 - 21398 - 214
32BB1 - 902 - 91
42BB98 - 21199 - 212
53CC2 - 893 - 90
63CC98 - 21399 - 214
74DD2 - 2153 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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