PDB-5y9n: Crystal structure of Pyrococcus furiosus PbaA (monoclinic form), ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y9n

タイトル

Crystal structure of Pyrococcus furiosus PbaA (monoclinic form), an archaeal homolog of proteasome-assembly chaperone

要素

PbaA

キーワード

CHAPERONE / PROTEASOME / PROTEASOME ACTIVATOR / PROTEASOME ASSEMBLY CHAPERONE

機能・相同性

Conserved hypothetical protein CHP00061 / PAC-like subunit / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Proteasome assembly chaperone family protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Yagi-Utsumi, M. / Sikdar, A. / Kozai, T. / Inoue, R. / Sugiyama, M. / Uchihashi, T. / Satoh, T. / Kato, K.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	17K15441	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	25102001	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	25102008	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	15H02491	日本

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2018
タイトル: Conversion of functionally undefined homopentameric protein PbaA into a proteasome activator by mutational modification of its C-terminal segment conformation
著者: Yagi-Utsumi, M. / Sikdar, A. / Kozai, T. / Inoue, R. / Sugiyama, M. / Uchihashi, T. / Yagi, H. / Satoh, T. / Kato, K.

履歴

登録	2017年8月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y9n.cif.gz	462.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y9n.ent.gz	381 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y9n_validation.pdf.gz	508.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y9n_full_validation.pdf.gz	535.6 KB	表示
XML形式データ	5y9n_validation.xml.gz	78.4 KB	表示
CIF形式データ	5y9n_validation.cif.gz	103.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wz2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wse-d 5ovt-1 5lkm-1 4g4e-d 6u39-d 1ht2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PbaA

B: PbaA

C: PbaA

D: PbaA

E: PbaA

F: PbaA

G: PbaA

H: PbaA

I: PbaA

J: PbaA

ヘテロ分子

274 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PbaA

B: PbaA

C: PbaA

D: PbaA

E: PbaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry
137 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: PbaA

G: PbaA

H: PbaA

I: PbaA

J: PbaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.690, 200.940, 92.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 242 / Label seq-ID: 8 - 245

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	PbaA 分子量: 27384.826 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0015 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U4Q9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% MPD, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), and 20 mM calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 101818 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.55→2.71 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 16291 / CC_1/2: 0.812 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WZ2

3wz2

解像度: 2.55→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 13.35 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.276 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24039	5085	5 %	RANDOM
R_work	0.20777	-	-	-
obs	0.20939	96609	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0 Å²	1.05 Å²
2-	-	-3.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18670	0	10	141	18821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	19020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	2.001	25690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	43270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.951	5	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.377	24.875	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.595	15	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.85	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	20810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.836	7.852	9510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.836	7.852	9509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.292	11.787	11870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.292	11.787	11871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.76	8.81	9510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.759	8.81	9510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.504	12.814	13820
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.633	91.62	20263
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.633	91.62	20264
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14668	0.03
1	2	B	14668	0.03
2	1	A	14710	0.03
2	2	C	14710	0.03
3	1	A	14686	0.03
3	2	D	14686	0.03
4	1	A	14742	0.03
4	2	E	14742	0.03
5	1	A	14722	0.04
5	2	F	14722	0.04
6	1	A	14752	0.02
6	2	G	14752	0.02
7	1	A	14682	0.04
7	2	H	14682	0.04
8	1	A	14728	0.03
8	2	I	14728	0.03
9	1	A	14700	0.03
9	2	J	14700	0.03
10	1	B	14662	0.04
10	2	C	14662	0.04
11	1	B	14656	0.04
11	2	D	14656	0.04
12	1	B	14666	0.04
12	2	E	14666	0.04
13	1	B	14660	0.04
13	2	F	14660	0.04
14	1	B	14698	0.03
14	2	G	14698	0.03
15	1	B	14634	0.05
15	2	H	14634	0.05
16	1	B	14660	0.04
16	2	I	14660	0.04
17	1	B	14662	0.04
17	2	J	14662	0.04
18	1	C	14652	0.03
18	2	D	14652	0.03
19	1	C	14716	0.03
19	2	E	14716	0.03
20	1	C	14674	0.04
20	2	F	14674	0.04
21	1	C	14712	0.03
21	2	G	14712	0.03
22	1	C	14686	0.04
22	2	H	14686	0.04
23	1	C	14690	0.04
23	2	I	14690	0.04
24	1	C	14686	0.03
24	2	J	14686	0.03
25	1	D	14712	0.04
25	2	E	14712	0.04
26	1	D	14694	0.04
26	2	F	14694	0.04
27	1	D	14710	0.03
27	2	G	14710	0.03
28	1	D	14668	0.04
28	2	H	14668	0.04
29	1	D	14690	0.04
29	2	I	14690	0.04
30	1	D	14702	0.03
30	2	J	14702	0.03
31	1	E	14704	0.04
31	2	F	14704	0.04
32	1	E	14758	0.03
32	2	G	14758	0.03
33	1	E	14694	0.04
33	2	H	14694	0.04
34	1	E	14736	0.04
34	2	I	14736	0.04
35	1	E	14712	0.03
35	2	J	14712	0.03
36	1	F	14722	0.04
36	2	G	14722	0.04
37	1	F	14678	0.05
37	2	H	14678	0.05
38	1	F	14694	0.04
38	2	I	14694	0.04
39	1	F	14694	0.04
39	2	J	14694	0.04
40	1	G	14730	0.04
40	2	H	14730	0.04
41	1	G	14736	0.03
41	2	I	14736	0.03
42	1	G	14714	0.02
42	2	J	14714	0.02
43	1	H	14686	0.04
43	2	I	14686	0.04
44	1	H	14672	0.04
44	2	J	14672	0.04
45	1	I	14708	0.03
45	2	J	14708	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.551→2.617 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	360	-
R_work	0.381	6848	-
obs	-	-	96.48 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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