PDB-3wse: Reduced HcgD from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wse

タイトル

Reduced HcgD from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / NIF3-related protein

機能・相同性

NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: A possible iron delivery function of the dinuclear iron center of HcgD in [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis
著者: Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wse.cif.gz	584.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wse.ent.gz	487.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wse_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wse_full_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示
XML形式データ	3wse_validation.xml.gz	50.7 KB	表示
CIF形式データ	3wse_validation.cif.gz	69.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wse	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wsdC 3wsfC 3wsgC 3wshC 3wsiC 2fywS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wsg-d 3wsi-d 3wsd-d 3wsh-4 3wsh-1 3wsh-6 3wsf-d 3wsh-2 3wsh-5 3wsh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

B: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

C: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

D: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

E: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

F: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

ヘテロ分子

171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.010, 134.980, 161.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2 / HcgD / GTP cyclohydrolase I 分子量: 28254.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0927 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), ...THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), HIS(0), ARE THE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10%(w/v) PEG8000, 0.2M NaCl, 0.1M Na/K phosphate, 5mM sodium dithionite, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) monochrometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 72437 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.852 % / B_iso Wilson estimate: 43.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.84
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
EPMR		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FYW

2fyw

解像度: 2.5→45.577 Å / FOM work R set: 0.8246 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2214	3622	5 %	RANDOM
R_work	0.1941	-	-	-
obs	0.1955	72431	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.57 Å² / B_iso mean: 47.12 Å² / B_iso min: 21.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11667	0	42	264	11973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11908
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.764	16050
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1849
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2024
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.964	4446

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.5329	0.3579	136	0.3201	2598	2734	100
2.5329-2.5676	0.324	139	0.2938	2632	2771	100
2.5676-2.6043	0.3172	135	0.2811	2574	2709	100
2.6043-2.6431	0.2925	139	0.2736	2625	2764	100
2.6431-2.6844	0.2536	136	0.2663	2589	2725	100
2.6844-2.7284	0.3006	138	0.2573	2627	2765	100
2.7284-2.7755	0.3284	137	0.2628	2608	2745	100
2.7755-2.8259	0.2794	138	0.244	2624	2762	100
2.8259-2.8803	0.2723	140	0.247	2655	2795	100
2.8803-2.9391	0.2668	137	0.2258	2599	2736	100
2.9391-3.003	0.2761	139	0.2272	2638	2777	100
3.003-3.0728	0.2911	138	0.2274	2628	2766	100
3.0728-3.1496	0.2231	138	0.2256	2620	2758	100
3.1496-3.2348	0.278	139	0.2395	2632	2771	100
3.2348-3.3299	0.2643	138	0.2333	2627	2765	100
3.3299-3.4374	0.2615	139	0.2261	2648	2787	100
3.4374-3.5602	0.2347	139	0.2145	2645	2784	100
3.5602-3.7027	0.2351	139	0.2073	2633	2772	100
3.7027-3.8711	0.2215	139	0.183	2646	2785	100
3.8711-4.0751	0.1682	141	0.1601	2672	2813	100
4.0751-4.3302	0.1767	140	0.1584	2670	2810	100
4.3302-4.6642	0.1656	140	0.1384	2658	2798	100
4.6642-5.133	0.1926	142	0.1453	2690	2832	100
5.133-5.8745	0.1853	142	0.1675	2694	2836	100
5.8745-7.3961	0.1589	143	0.1652	2728	2871	100
7.3961-45.5845	0.1665	151	0.1375	2849	3000	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2362	-0.3056	0.5306	2.1956	0.1925	1.0763	0.0921	-0.0189	-0.2918	0.028	-0.0599	0.0918	0.1956	-0.1624	0.0026	0.3679	-0.0405	-0.0119	0.2794	-0.0044	0.2998	-11.7931	22.4248	-72.8759
2	0.7596	-0.8839	-0.4668	2.1149	0.7196	0.7775	-0.0742	-0.0986	0.1259	0.0088	0.0179	-0.1322	0.1606	-0.0967	0.0706	0.3656	-0.0195	-0.0147	0.3331	0.01	0.2892	-11.8091	34.5497	-68.1781
3	2.6522	1.5028	0.8181	1.4981	0.3743	1.1554	0.1639	0.1521	-0.3805	0.0331	0.0547	-0.2575	0.2679	0.2394	-0.1911	0.3751	0.0709	-0.0325	0.301	-0.0689	0.4114	16.3925	19.7708	-67.9865
4	1.2255	-0.4208	0.5449	0.8714	-0.11	0.6069	0.1448	0.1418	-0.1229	0.0227	-0.0619	-0.0415	0.198	0.047	-0.0397	0.3411	0.0289	0.0193	0.2404	-0.0472	0.2548	6.6967	23.9552	-73.4687
5	0.9876	0.212	-0.9316	2.8531	0.987	2.7911	0.0886	0.0512	0.2707	-0.311	-0.008	-0.1309	-0.4253	0.2801	-0.0505	0.3364	-0.0334	0.0224	0.2442	0.0154	0.37	-19.5313	56.4857	-58.4923
6	1.4714	-1.0345	-0.4796	2.3336	1.2087	1.3547	-0.0238	0.0488	0.0381	-0.1323	0.0132	0.04	0.0681	0.0653	-0.0026	0.3013	-0.0231	0.0057	0.3001	-0.0001	0.2767	-24.9668	43.9322	-63.4546
7	1.497	0.4162	-0.387	0.9795	0.1268	1.748	0.0552	-0.0508	0.3269	0.2423	-0.1043	-0.0117	-0.3449	0.1548	0.0058	0.4386	-0.0227	0.0012	0.2708	-0.0108	0.3879	-26.8637	59.5195	-40.7075
8	1.03	-0.2351	-0.1948	1.444	-0.9799	2.3089	-0.0436	-0.2164	0.066	0.1363	0.0621	0.0647	-0.0528	0.0174	-0.0145	0.3057	0.0187	0.0254	0.3018	-0.0121	0.2979	-33.7955	51.4003	-37.9745
9	2.2213	0.6642	-0.4453	2.2483	-0.3379	1.7564	-0.0832	0.2831	0.533	0.075	0.1142	0.0597	-0.1007	-0.3024	-0.0497	0.4208	0.0892	-0.0665	0.5164	0.1016	0.4547	-6.5631	56.2661	-14.6115
10	1.8947	0.927	0.3132	1.9054	-0.1176	1.0976	-0.1536	-0.15	-0.0429	0.0921	0.0586	0.1816	0.0074	-0.3252	0.0177	0.3164	0.0236	0.0173	0.5775	0.0775	0.3295	-8.3322	43.616	-7.5177
11	2.2758	-0.0669	0.634	0.6683	0.1278	1.655	-0.1065	0.1173	0.3223	-0.2903	-0.0902	-0.1272	-0.3104	-0.0996	0.1334	0.3962	0.0529	-0.0297	0.3558	0.0762	0.4038	12.5736	58.8273	-17.3195
12	2.0032	-1.1115	-0.5321	2.0278	1.2342	1.264	-0.0036	0.1702	0.0682	0.0355	0.0059	-0.085	-0.0954	0.077	0.0094	0.3393	-0.0319	-0.0037	0.3281	0.0876	0.295	23.7411	49.1427	-16.2711
13	1.1054	0.2157	-0.1286	0.6216	0.0231	0.0981	0.0641	-0.0948	0.1726	0.1396	-0.1326	-0.0463	-0.1025	-0.0168	0.056	0.4129	0.0447	-0.026	0.4791	0.0457	0.3301	3.3162	54.659	-3.2043
14	0.8957	0.1715	0.4051	2.0254	0.3098	1.1393	0.1481	-0.3502	-0.2287	0.1005	-0.1769	-0.1618	0.1842	0.0792	0.034	0.2931	-0.0043	0.0242	0.5647	0.156	0.3918	-23.1339	22.6744	-14.9907
15	1.3307	0.6776	0.5725	2.1434	0.7041	0.2851	-0.076	-0.2398	-0.2642	0.0363	0.0135	-0.0377	-0.1305	-0.0127	-0.0015	0.3235	-0.0417	0.0473	0.5658	0.0974	0.3528	-19.1257	34.5151	-16.7633
16	2.0205	-0.0881	0.4949	0.8193	0.1424	1.2363	0.1396	0.0756	-0.2995	-0.0736	0.0216	-0.121	0.372	-0.0383	-0.1198	0.4759	-0.0555	0.0169	0.3975	0.0797	0.5444	-27.6248	15.1075	-36.4967
17	1.5585	-0.1947	0.109	2.1211	-0.9746	2.6635	-0.054	-0.0313	-0.2332	-0.1466	0.0607	-0.0483	0.1315	-0.1839	-0.0181	0.3309	-0.0402	0.0343	0.3272	-0.0136	0.3808	-34.7061	24.8054	-45.226
18	0.5008	-0.4566	0.4863	1.1403	0.1115	0.8575	0.1367	-0.2913	-0.3443	0.1256	-0.2085	-0.0096	0.0776	0.1661	0.0854	0.2977	-0.0209	0.0338	0.5132	0.136	0.4525	-33.4707	19.9995	-20.8118
19	0.7137	0.2527	-0.4325	2.6401	-0.2058	1.4561	-0.087	0.0896	-0.2406	-0.0333	0.1202	0.0039	0.1549	0.0499	-0.0366	0.2802	-0.0127	-0.0253	0.3452	0.0156	0.3477	29.9324	25.7564	-34.5361
20	2.4829	-0.1324	-1.5987	0.5211	0.2531	1.7568	-0.1255	-0.3179	-0.3742	0.1278	-0.0176	0.0091	0.2195	0.0902	0.0803	0.4362	-0.0062	-0.0025	0.417	0.1412	0.4274	16.9218	21.0388	-13.0399
21	2.2752	0.1838	0.9329	2.1555	-0.4691	1.0509	-0.0028	-0.2664	0.0396	0.2387	-0.1073	0.0202	-0.3966	-0.1222	0.0343	0.4432	-0.0198	0.0085	0.3032	-0.0416	0.2853	24.3484	55.1818	-47.665
22	1.4126	-0.3976	0.1474	2.3142	0.4264	2.1649	0.01	-0.1651	0.1855	0.1187	-0.2244	-0.3118	-0.1179	0.2101	0.1749	0.2989	-0.0382	-0.0112	0.3484	0.0212	0.3503	35.388	46.3373	-52.219
23	0.3905	-0.0282	-0.0197	1.508	-0.8118	1.2612	0.1858	-0.0448	-0.1251	0.0507	-0.0843	0.054	0.039	0.042	-0.0644	0.3115	-0.0182	-0.0346	0.2977	0.0244	0.3249	27.8292	38.6823	-47.7721
24	0.7413	-0.0005	0.9118	0.4747	-0.4836	2.0471	0.1124	-0.0671	0.3446	0.0627	-0.0893	0.389	-0.2391	-0.1065	0.0134	0.3787	0.0234	0.0135	0.2807	-0.0379	0.4702	13.4893	58.8403	-62.9265
25	2.737	0.1584	0.3667	1.4718	-0.7762	1.9221	-0.1494	0.2852	0.1017	-0.3697	0.0199	0.1684	-0.1298	0.0355	0.1363	0.3474	0.0049	0.0466	0.2084	0.0093	0.377	14.1134	56.8757	-77.8153
26	1.516	0.4463	0.5873	1.4738	0.063	0.9799	0.0874	0.0329	0.0368	-0.0151	0.0306	-0.0057	0.0183	-0.1032	-0.1078	0.3417	0.0439	-0.0306	0.2866	-0.017	0.3479	9.7535	50.1795	-74.8509
27	1.7868	-0.6955	-0.0956	2.7046	0.0552	1.7663	-0.2492	-0.1354	0.1393	0.2372	0.046	0.198	0.1586	-0.4439	0.1486	0.2916	0.0102	-0.0118	0.3183	-0.0725	0.3417	4.63	48.0162	-67.6499
28	1.254	0.0908	0.1653	0.8001	-0.0041	0.2535	-0.041	0.0905	-0.3123	-0.0377	0.1165	-0.0995	0.1027	-0.1093	-0.0771	0.3343	-0.0197	0.0117	0.197	-0.0245	0.3306	4.6402	42.2849	-72.6391
29	0.9111	-0.0824	0.517	1.0258	-0.3683	1.3792	-0.0084	-0.0553	0.0018	-0.0753	-0.112	-0.1256	-0.085	0.1327	0.0916	0.3268	-0.0024	0.0423	0.2677	0.0093	0.3464	30.1014	54.005	-61.8706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 70:103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 104:202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 203:249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 5:34 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 35:103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 104:135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 136:249 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 5:34 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 35:103 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 104:135 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 136:220 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 221:249 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 3:69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 70:103 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 104:135 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 136:220 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 221:249 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN E AND (RESSEQ 6:103 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESSEQ 104:249 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN F AND (RESSEQ 6:34 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN F AND (RESSEQ 35:69 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN F AND (RESSEQ 70:103 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN F AND (RESSEQ 104:135 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN F AND (RESSEQ 136:154 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN F AND (RESSEQ 155:182 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN F AND (RESSEQ 183:202 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN F AND (RESSEQ 203:220 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN F AND (RESSEQ 221:249 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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