PDB-3wsi: EDTA-treated, reduced HcgD from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wsi

タイトル

EDTA-treated, reduced HcgD from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / NIF3-related protein

機能・相同性

NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: A possible iron delivery function of the dinuclear iron center of HcgD in [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis
著者: Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wsi.cif.gz	590.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wsi.ent.gz	492 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wsdC 3wseC 3wsfC 3wsgC 3wshC 2fywS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wsd-d 3wse-d 3wsh-4 3wsg-d 3wsh-6 3wsh-1 3wsf-d 3wsh-2 3wsh-5 3wsh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

B: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

C: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

D: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

E: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

F: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

ヘテロ分子

170 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.210, 135.830, 161.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2 / HcgD / GTP cyclohydrolase I 分子量: 28254.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0927 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), ...THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), HIS(0), ARE THE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10%(w/v) PEG8000, 0.2M NaCl, 0.1M Na/K phosphate, 5mM sodium dithionite, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1.71 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.71 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 92234 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.19 % / B_iso Wilson estimate: 40.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.059 / Net I/σ(I): 11.74

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.42		0.809	0.506	2.52	38827	13083	12927	0.614	98.8
2.42-2.6		0.917	0.311	4.12	49475	15421	15361	0.372	99.6
2.6-2.8		0.96	0.198	5.92	38979	12796	12652	0.24	98.9
2.8-3		0.981	0.128	9.02	31847	9630	9607	0.153	99.8
3-3.1		0.987	0.1	11.37	12990	3911	3896	0.119	99.6
3.1-3.3		0.99	0.082	13.12	21382	6565	6498	0.098	99
3.3-4.3		0.996	0.05	18.62	55240	17390	17061	0.06	98.1
4.3-5.9		0.997	0.037	24.2	27291	8923	8557	0.044	95.9
5.9-8		0.998	0.033	27.13	11087	3453	3349	0.039	97
8-12		0.998	0.025	34	4807	1666	1551	0.03	93.1
	12	0.999	0.023	37.12	2332	768	704	0.027	91.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FYW

2fyw

解像度: 2.3→44.926 Å / FOM work R set: 0.8482 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2204	4613	5 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.1811	92234	98.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.92 Å² / B_iso mean: 45.51 Å² / B_iso min: 21.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11659	0	36	497	12192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	16039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1848
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.191	4443

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.2797	154	0.2582	2927	3081	99
2.3261-2.3535	0.334	151	0.2539	2858	3009	99
2.3535-2.3822	0.2841	154	0.2627	2924	3078	98
2.3822-2.4124	0.3113	151	0.2493	2879	3030	99
2.4124-2.4441	0.2999	155	0.2446	2945	3100	100
2.4441-2.4776	0.295	153	0.2402	2898	3051	100
2.4776-2.513	0.2783	155	0.2239	2950	3105	100
2.513-2.5505	0.2389	152	0.218	2890	3042	100
2.5505-2.5903	0.2529	154	0.2037	2925	3079	100
2.5903-2.6328	0.2643	155	0.2118	2934	3089	99
2.6328-2.6782	0.257	152	0.2083	2897	3049	99
2.6782-2.7269	0.2649	153	0.2053	2904	3057	99
2.7269-2.7793	0.2316	151	0.2053	2868	3019	98
2.7793-2.836	0.2639	154	0.2053	2922	3076	100
2.836-2.8977	0.2769	155	0.1991	2957	3112	100
2.8977-2.9651	0.2326	156	0.1966	2955	3111	100
2.9651-3.0392	0.2536	153	0.1981	2912	3065	100
3.0392-3.1214	0.2741	155	0.203	2947	3102	99
3.1214-3.2132	0.2774	154	0.2128	2924	3078	99
3.2132-3.3169	0.2735	155	0.2124	2947	3102	99
3.3169-3.4354	0.2522	151	0.2054	2861	3012	97
3.4354-3.5729	0.2239	153	0.2061	2904	3057	98
3.5729-3.7354	0.2519	155	0.197	2943	3098	99
3.7354-3.9323	0.2071	154	0.1686	2928	3082	99
3.9323-4.1785	0.1743	154	0.1332	2936	3090	98
4.1785-4.5008	0.151	154	0.1264	2920	3074	97
4.5008-4.9532	0.1432	148	0.1237	2811	2959	94
4.9532-5.6688	0.1703	156	0.1293	2967	3123	97
5.6688-7.1374	0.1694	157	0.1509	2978	3135	98
7.1374-44.9343	0.1803	159	0.1487	3010	3169	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5381	0.6941	-0.5013	5.112	-1.0376	2.981	0.1347	0.3778	0.6252	-0.0748	0.0131	0.2437	-0.2428	-0.3277	-0.1582	0.2958	0.04	-0.0113	0.2745	-0.0068	0.259	-12.1485	47.7147	70.586
2	4.2128	2.9102	2.7166	7.1447	2.5584	1.9607	0.0229	0.0252	-0.0495	0.0934	0.0929	-0.0367	-0.1141	-0.1671	-0.099	0.276	0.0289	0.0119	0.2469	0.0095	0.2359	-11.5548	34.2297	71.7035
3	7.4127	0.6048	1.7149	2.5221	-0.4436	5.2347	0.002	-0.0478	1.0131	0.0002	0.2752	-0.2653	-0.8616	0.2451	-0.2236	0.4595	-0.0399	0.1141	0.2281	-0.0657	0.4755	8.8909	52.8113	66.0714
4	4.8535	-1.2009	-2.473	1.4529	0.7406	2.3398	0.1708	-0.3379	0.5892	0.08	0.0515	-0.2945	-0.3212	0.2349	-0.2195	0.34	-0.0452	-0.0169	0.2384	-0.0549	0.3212	14.3817	44.5445	70.6953
5	3.268	0.6318	-0.142	5.1808	0.6645	5.4863	-0.0232	-0.159	-0.3699	0.1543	0.1057	-0.4016	0.5156	0.7694	-0.0209	0.2745	0.0927	-0.0489	0.3334	-0.0215	0.342	-19.2338	11.076	58.0696
6	3.7502	2.616	0.1802	5.2329	1.3349	1.3212	0.0079	-0.3037	-0.0054	0.2586	-0.0861	0.0034	0.1624	0.0739	0.057	0.2897	0.0607	-0.0286	0.2826	-0.0097	0.2274	-25.0138	23.4346	63.5479
7	3.6535	-0.261	0.6612	2.7741	-1.2622	4.3055	-0.0167	0.5226	-0.3311	-0.3946	0.1205	0.1602	0.54	0.0691	-0.0969	0.3811	-0.0236	-0.003	0.2894	-0.0528	0.2809	-32.0058	12.8995	35.0369
8	1.5926	0.2695	-0.2409	2.3118	-1.8232	4.4094	-0.0779	0.0597	-0.0228	0.0443	-0.0073	0.0425	0.0474	-0.153	0.0656	0.2782	0.004	-0.012	0.2725	-0.0305	0.28	-33.187	16.6534	46.1621
9	6.8444	-1.8825	1.2107	6.1467	0.0719	2.4079	0.0064	-0.3758	-0.6367	0.231	0.0398	0.3197	0.3824	-0.475	-0.0104	0.3979	-0.1074	0.1211	0.476	0.0996	0.3825	-6.6911	11.1918	14.2228
10	3.3017	-2.1892	-1.211	6.0562	1.4244	3.2241	-0.0789	0.1772	-0.0105	-0.2378	0.0143	0.341	0.1135	-0.5347	0.059	0.3137	-0.0191	-0.0138	0.487	0.0771	0.3259	-8.4311	23.8386	7.3946
11	7.309	-0.2853	-2.4501	1.4845	0.4554	5.3499	-0.0346	-0.4115	-0.6793	0.2396	0.0474	-0.0591	0.505	-0.1247	0.0412	0.4688	-0.0683	0.0111	0.3114	0.1232	0.4104	12.4967	8.6377	16.9625
12	3.2744	1.2708	0.3344	4.5661	2.8379	2.3876	-0.0206	-0.2713	-0.2111	0.014	0.0476	-0.1938	0.1957	0.1481	-0.0077	0.2889	0.0127	0.005	0.2637	0.1075	0.2737	23.6637	18.3609	16.0754
13	2.7721	0.7813	0.603	2.0771	0.5752	1.1542	-0.0903	-0.067	-0.2919	-0.37	-0.0904	-0.0998	0.2634	-0.0661	0.1316	0.441	-0.0467	0.0348	0.3926	0.025	0.3426	3.2179	12.879	2.9697
14	1.2175	0.7201	-1.1589	5.3002	0.6114	4.0086	0.043	0.4556	0.3463	-0.3038	-0.0719	-0.0735	-0.3555	0.143	0.0466	0.2688	0.0374	-0.0218	0.5244	0.1409	0.3604	-23.2968	44.593	15.0744
15	4.5747	-4.2651	-2.1071	8.5643	1.9599	0.9331	-0.2843	0.2972	0.3179	-0.0015	0.2089	-0.059	0.1544	0.0703	0.0856	0.2807	-0.0354	-0.0498	0.5032	0.1037	0.3248	-19.2464	32.798	16.7619
16	4.1583	0.1791	-1.4973	2.9	-1.7186	4.9314	-0.0001	0.1151	0.4824	0.2307	0.083	0.1686	-0.6278	-0.3758	-0.0962	0.3703	0.0874	-0.0672	0.3102	-0.0075	0.3466	-34.3735	48.1713	40.8047
17	1.0971	0.1598	-0.9452	1.4111	-0.9859	4.3361	-0.0586	0.1781	0.2595	0.0488	0.0193	-0.0925	-0.3545	-0.3452	0.0902	0.2366	0.0385	-0.0491	0.3509	0.0029	0.3708	-31.6077	42.2863	35.2539
18	7.454	-1.1472	0.9018	5.6529	-0.8767	4.0674	-0.3192	-0.5388	0.8292	0.3943	0.2005	-0.075	-0.5658	-0.1745	0.0972	0.456	0.0135	-0.0282	0.3454	-0.0214	0.3572	28	49.7443	36.4249
19	0.9244	-0.3744	0.6932	5.6023	-2.0289	5.0802	-0.0319	-0.0398	0.18	-0.0763	0.0463	-0.137	-0.0818	0.3588	-0.0195	0.2255	0.0008	0.0348	0.3239	0.0107	0.2691	31.1773	36.2197	33.189
20	2.9347	0.5219	-0.1954	1.4323	0.2614	6.0387	-0.0838	0.5601	0.9859	-0.2083	0.0768	0.375	-0.8994	-0.253	0.0642	0.5102	0.0434	-0.0797	0.4118	0.1815	0.56	15.4815	52.9745	18.2536
21	4.0924	0.2075	1.5266	4.097	-0.0696	2.476	-0.2392	0.8016	0.5622	-0.4033	0.1084	0.0895	-0.4162	0.1321	0.0984	0.3969	-0.0091	-0.0327	0.4482	0.1346	0.3361	11.8521	43.0544	7.8833
22	3.9089	0.3365	1.8431	5.3541	0.8621	4.495	-0.2733	0.4825	0.8229	-0.4732	0.1445	-0.2959	-0.6398	0.2384	0.1432	0.4	-0.0475	0.019	0.4007	0.1106	0.4731	31.8757	48.6222	21.6627
23	1.363	0.7893	-0.3931	4.7752	-1.8638	3.3358	-0.0046	0.252	-0.1484	-0.2981	-0.0238	-0.1499	0.3417	0.1078	0.023	0.235	0.0349	0.0111	0.2713	-0.0321	0.2323	29.4768	21.3204	49.2607
24	3.0424	-0.6858	-1.1609	0.668	0.0732	1.7296	0.0036	0.0103	-0.3555	-0.0139	-0.0973	0.1134	0.2116	-0.1244	0.1024	0.2904	-0.0453	-0.0189	0.202	-0.0212	0.3415	14.2603	14.9989	68.8573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 53:103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 104:135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 136:249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 6:34 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 35:103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 104:202 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 203:249 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 5:34 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 35:103 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 104:135 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 136:220 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 221:249 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 3:69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 70:103 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 104:182 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 183:249 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN E AND (RESSEQ 6:44 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN E AND (RESSEQ 45:103 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESSEQ 104:135 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN E AND (RESSEQ 136:220 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN E AND (RESSEQ 221:249 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN F AND (RESSEQ 6:103 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN F AND (RESSEQ 104:249 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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