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- PDB-5y9i: Crystal structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9i
タイトルCrystal structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) alphaketoglutarate dependent dioxygenase in complex with Co(II)
要素Uncharacterized protein KdoO
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fe(II)/O2/alphaketoglutarate dependent dioxygenase / KDO2-lipid A dioxygenase / deoxysugar dioxygenase / LPS biosynthesis
機能・相同性Kdo hydroxylase / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase / metal ion binding / ACETATE ION / : / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase
機能・相同性情報
生物種Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Chung, H.S. / Pemble, C.W. / Joo, S.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical and structural insights of Fe(II)/alpha-ketoglutarate/O2-dependent dioxygenase, KdoO from Methylacidiphilum infernorum V4
著者: Chung, H.S. / Pemble IV, C.W. / Joo, S.H.
履歴
登録2017年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein KdoO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9119
ポリマ－36,2391
非ポリマー6728
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.263, 59.566, 116.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein KdoO / 3-Deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid hydroxylase


分子量: 36239.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylacidiphilum infernorum (isolate V4) (バクテリア)
株: isolate V4 / 遺伝子: Minf_1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DUR4
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 398分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium acetate (pH=4.6), 200mM Ammonium sulfate, 25% v/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 51868 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 19.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→34.875 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.61
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 2405 4.98 %
Rwork0.1514 --
obs0.1536 48291 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→34.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 0 37 391 2819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8273372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1671491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.901-1.93980.24191240.20942267X-RAY DIFFRACTION81
1.9398-1.9820.23511290.18312551X-RAY DIFFRACTION94
1.982-2.02810.21441440.17512672X-RAY DIFFRACTION97
2.0281-2.07880.22411390.16272714X-RAY DIFFRACTION99
2.0788-2.1350.20761420.15782752X-RAY DIFFRACTION100
2.135-2.19780.22251450.14192768X-RAY DIFFRACTION100
2.1978-2.26880.18241440.14392704X-RAY DIFFRACTION100
2.2688-2.34980.18541460.14422742X-RAY DIFFRACTION100
2.3498-2.44390.21781470.15022780X-RAY DIFFRACTION100
2.4439-2.55510.20841420.14912723X-RAY DIFFRACTION100
2.5551-2.68970.20071420.15062761X-RAY DIFFRACTION100
2.6897-2.85820.17671410.16282725X-RAY DIFFRACTION100
2.8582-3.07870.21781410.16172755X-RAY DIFFRACTION100
3.0787-3.38830.17561450.15272722X-RAY DIFFRACTION100
3.3883-3.87810.16921460.13232759X-RAY DIFFRACTION100
3.8781-4.88380.20461370.12322739X-RAY DIFFRACTION100
4.8838-34.88090.15661510.16742752X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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