PDB-5y9g: Crystal structure of Salmonella SafD adhesin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y9g

タイトル

Crystal structure of Salmonella SafD adhesin

要素

Pilin structural protein SafD,Pilus assembly protein

キーワード

CELL ADHESION / host recognition / biofilm formation / Salmonella atypical fimbriae / poly-adhesive activity / self-associating oligomerization

機能・相同性

: / :

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enteritidis (サルモネラ菌)

Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zeng, L.H. / Zhang, L. / Wang, P.R. / Meng, G.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis of host recognition and biofilm formation by Salmonella Saf pili
著者: Zeng, L.H. / Zhang, L. / Wang, P.R. / Meng, G.

履歴

登録	2017年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y9g.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y9g.ent.gz	134.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y9g_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y9g_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	5y9g_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	5y9g_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y9hC 2ixqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zpv-1 3zpv-11 4or1-1 3di5-d 4lw9-11 3zpv-18 6c4u-6 6c4u-5 4ysi-d 3zpv-13 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pilin structural protein SafD,Pilus assembly protein

B: Pilin structural protein SafD,Pilus assembly protein

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pilin structural protein SafD,Pilus assembly protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pilin structural protein SafD,Pilus assembly protein

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.300, 49.710, 148.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pilin structural protein SafD,Pilus assembly protein 分子量: 16284.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enteritidis (サルモネラ菌), (組換発現) Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌) 遺伝子: R567_09630, IN36_14140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1X2WLP6, UniProt: A0A158MX89
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Authors state that the sequence DNKQ is an artificial linker.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→74.4 Å / Num. obs: 11971 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.679 / CC_1/2: 0.52 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IXQ

2ixq

解像度: 2.2→47.15 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	588	5.07 %
R_work	0.1989	-	-
obs	0.2006	11606	90.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2130	0	0	125	2255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.666	2963
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.664	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	391

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.4215	0.3306	133	0.2569	2624	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4215-2.7718	0.2768	143	0.2306	2604	X-RAY DIFFRACTION	87
2.7718-3.492	0.2207	140	0.1965	2732	X-RAY DIFFRACTION	90
3.492-10	0.1956	172	0.1685	3058	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.429	-2.225	-0.5636	3.9307	1.052	8.6487	0.1364	0.5394	-0.4865	0.0226	0.014	1.1926	1.1372	-1.6829	0.1134	-0.0176	0.2145	0.0021	0.1258	0.0193	0.5112	20.2115	21.0847	14.4812
2	5.2071	-1.5792	-0.7628	5.9625	0.9383	6.1975	-0.0275	-0.6875	-0.2543	0.5202	-0.1199	0.0093	0.3098	-0.1933	0.0438	0.2794	-0.09	-0.0367	0.2138	0.0033	0.1796	35.4194	41.4958	19.3521
3	2.0701	-0.0434	0.5703	1.1133	0.3908	3.3826	0.1475	-0.3094	-0.3596	-0.0811	-0.1294	-0.3686	0.3217	0.0675	0.0067	0.2236	0.0163	0.0271	0.0857	0.0547	0.0535	28.8618	26.3285	14.9865
4	3.0738	1.4734	-0.5671	5.2925	-0.5592	1.3667	0.1157	0.7074	0.2183	-0.4685	0.123	0.1017	0.1746	-0.1803	0.0737	0.4387	0.0111	-0.1299	0.1569	-0.0826	0.1259	24.9754	26.0058	2.8367
5	3.7444	-2.4413	-1.2204	6.6797	1.5695	2.0723	-0.3893	-0.2496	0.4284	0.3087	0.2025	0.1938	-0.3728	0.1084	0.1238	0.2619	-0.0234	-0.0782	0.1616	0.012	0.2302	26.8166	42.925	9.2636
6	5.6816	2.0911	3.5028	7.2178	-0.3369	2.9233	-0.0054	0.5852	0.0705	-0.8833	-0.2049	-0.2621	0.0584	0.505	0.0357	0.3142	0.0632	0.0182	0.2517	0.0105	0.1555	31.0037	25.8331	-0.2165
7	4.7092	-0.204	0.0726	5.0517	-1.0272	1.3927	0.2518	0.8808	-0.7474	-1.3377	-0.3299	-0.1362	1.0778	0.342	0.1604	0.441	0.0924	-0.0271	0.148	0.0544	0.2216	29.7408	16.6975	4.2634
8	2.5956	0.3441	1.2447	3.6497	0.4305	1.9866	-0.1729	-0.0188	0.3492	-0.1285	0.058	0.3456	-0.0977	0.0422	0.117	0.1506	0.0092	0.0144	0.1491	0.0239	0.1521	28.2535	35.498	11.4667
9	2.8989	-1.5654	-1.795	3.4335	0.464	3.6934	0.3074	0.4741	0.1028	0.1265	-0.7051	1.3794	-0.0727	-1.0767	-0.0151	0.3234	0.1011	0.0082	0.5234	0.0399	0.3861	20.5672	32.0531	13.7203
10	2.8803	0.9934	0.2122	3.5662	0.2782	2.2848	-0.0989	-0.2096	0.249	-0.143	-0.0711	0.2283	-0.2119	0.0455	0.1243	0.0963	0.0064	0.0173	0.1338	0.016	0.0893	36.0231	26.9213	24.4617
11	2.4704	0.3132	-2.7636	1.8953	-1.1778	3.5786	-0.064	-0.8264	-0.3861	-0.0058	0.3779	0.0202	0.4998	0.765	0.0451	0.1358	0.0429	0.0083	0.2252	0.0448	0.225	46.0022	15.9331	29.268
12	3.8502	3.0793	-4.4702	5.5599	-3.1003	7.4676	-0.5827	0.2979	-0.6925	-0.1881	0.0932	-0.6014	0.5342	-0.4719	0.2301	0.1381	0.0681	0.0154	0.2197	0.009	0.146	36.2558	11.1887	28.4666
13	3.2004	1.2708	0.5467	3.7651	1.0221	1.7509	0.0366	-0.097	0.2176	-0.2191	0.0035	-0.158	-0.2487	0.0521	-0.0061	0.1199	0.0051	0.0349	0.1494	0.0363	0.1301	46.0873	28.0502	22.867
14	1.5251	1.2952	-0.5988	5.5106	1.054	2.0306	-0.0198	-0.1698	0.1246	0.239	0.0922	-0.1209	-0.0722	0.2966	0.023	0.1443	0.0461	-0.0452	0.175	-0.0077	0.1243	36.9612	22.3936	29.7671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 101 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 102 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 149 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 150 through 178 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 31 through 71 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 72 through 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 83 through 101 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 102 through 130 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 131 through 178 )

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新型コロナ情報

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