[日本語] English
万見
- PDB-5y89: Periplasmic heme-binding protein BhuT in complex with one heme (h... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y89
タイトルPeriplasmic heme-binding protein BhuT in complex with one heme (holo-1)
要素Putative hemin transport system, substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / metal transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemin transport system, substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
Model detailsPeriplasmic heme-binding protein BhuT in ABC heme transporter system
データ登録者Naoe, Y. / Nakamura, N. / Rahman, M.M. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Structural basis for binding and transfer of heme in bacterial heme-acquisition systems
著者: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
履歴
登録2017年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年10月11日ID: 5GJ0
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative hemin transport system, substrate-binding protein
B: Putative hemin transport system, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6719
ポリマ－56,0322
非ポリマー1,6397
水3,171176
1
A: Putative hemin transport system, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7884
ポリマ－28,0161
非ポリマー7723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative hemin transport system, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8845
ポリマ－28,0161
非ポリマー8684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)199.166, 199.166, 117.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-532-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 39 - 305 / Label seq-ID: 5 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Putative hemin transport system, substrate-binding protein


分子量: 28016.029 Da / 分子数: 2 / 断片: heme binding protein, UNP residues 40-305 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: hmuT, BCAM2628 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B4EKB3
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B111
シンクロトロンSPring-8 BL26B121.7375
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-2251CCD2012年7月12日mirrors
RAYONIX MX-2252CCD2012年7月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.73751
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 53708 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 22.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 1184361
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.49210.8652860.974199.4
2.49-2.5921.70.66952300.966199.1
2.59-2.722.20.48952680.965199.3
2.7-2.8522.50.35553100.959199.5
2.85-3.0222.60.25453080.95199.4
3.02-3.2622.60.14953410.95199.7
3.26-3.5822.50.10253530.982199.6
3.58-4.122.40.07753940.932199.8
4.1-5.1722.10.0554720.861199.9
5.17-5021.10.0357461199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SHELXCD位相決定
BUCCANEERモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.046 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.1744 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 2706 5 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2014 50964 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.51 Å2 / Biso mean: 52.459 Å2 / Biso min: 22.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0.2 Å2-0 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3902 0 195 176 4273
Biso mean--41.3 41.81 -
残基数----534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194197
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.024072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8062.0375775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.59739251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5085534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.93421.484155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09815593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1841547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0234864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0210.023987
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29970 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 198 -
Rwork0.23 3671 -
all-3869 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9894-0.58780.33511.20170.29511.23180.12550.33390.6488-0.3655-0.2748-0.2444-0.33070.02730.14940.21210.15510.07180.25990.17880.203665.2524111.05443.6918
20.5655-0.1864-0.33330.52120.39661.25540.0676-0.11120.01610.06550.0981-0.07310.18430.1983-0.16570.11140.0636-0.04790.1251-0.03330.029721.9494113.369919.9835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1((chain 'A' and resid 39 through 305) or (chain 'A' and resid 401 through 403))A39 - 403
2X-RAY DIFFRACTION2((chain 'B' and resid 39 through 305) or (chain 'B' and resid 401 through 403))B39 - 403

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る