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万見
- PDB-5y81: NuA4 TEEAA sub-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y81
タイトルNuA4 TEEAA sub-complex
要素
  • (Chromatin modification-related protein ...) x 3
  • (Transcription-associated protein ...) x 2
  • Actin
  • Actin-related protein 4
  • Eaf1-disorder domain
キーワードTRANSCRIPTION / NuA4 complex / Histone acetyltransferases / Tra1/TRRAP / PIKK family
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / nucleosome disassembly/reassembly complex / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex ...RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / nucleosome disassembly/reassembly complex / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / kinetochore assembly / DNA replication-dependent chromatin assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / nucleosome disassembly / SAGA complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / protein secretion / Ub-specific processing proteases / actin filament / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / chromatin organization / histone binding / protein-containing complex assembly / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin modification-related protein EAF5 / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / Myb-like DNA-binding domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain ...Chromatin modification-related protein EAF5 / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / Myb-like DNA-binding domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / SANT/Myb domain / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Homeobox-like domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-associated protein 1 / Chromatin modification-related protein EAF5 / Actin / Actin-related protein 4 / Chromatin modification-related protein EAF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Wang, X. / Cai, G.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Program2014CB910700 中国
the National Natural Science Foundation of China31570726 中国
the National Natural Science Foundation of China31170694 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Architecture of the Saccharomyces cerevisiae NuA4/TIP60 complex.
著者: Xuejuan Wang / Salar Ahmad / Zhihui Zhang / Jacques Côté / Gang Cai /
要旨: The NuA4/TIP60 acetyltransferase complex is required for gene regulation, DNA repair and cell cycle progression. The limited structural information impeded understanding of NuA4/TIP60 assembly and ...The NuA4/TIP60 acetyltransferase complex is required for gene regulation, DNA repair and cell cycle progression. The limited structural information impeded understanding of NuA4/TIP60 assembly and regulatory mechanism. Here, we report the 4.7 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a NuA4/TIP60 TEEAA assembly (Tra1, Eaf1, Eaf5, actin and Arp4) and the 7.6 Å cryo-EM structure of a TEEAA-piccolo assembly (Esa1, Epl1, Yng2 and Eaf6). The Tra1 and Eaf1 constitute the assembly scaffold. The Eaf1 SANT domain tightly binds to the LBE and FATC domains of Tra1 by ionic interactions. The actin/Arp4 peripherally associates with Eaf1 HSA domain. The Eaf5/7/3 (TINTIN) and piccolo modules largely pack against the FAT and HEAT repeats of Tra1 and their association depends on Eaf1 N-terminal and HSA regions, respectively. These structures elucidate the detailed architecture and molecular interactions between NuA4 subunits and offer exciting insights into the scaffolding and regulatory mechanisms of Tra1 pseudokinase.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6816
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transcription-associated protein 1
C: Chromatin modification-related protein EAF1
D: Eaf1-disorder domain
H: Chromatin modification-related protein EAF5
A: Transcription-associated protein 1
F: Actin-related protein 4
G: Actin
E: Chromatin modification-related protein EAF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)648,7928
ポリマ－648,7928
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Transcription-associated protein ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Transcription-associated protein 1 / p400 kDa component of SAGA


分子量: 130470.539 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2630-3744 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38811
#5: タンパク質 Transcription-associated protein 1 / p400 kDa component of SAGA


分子量: 303020.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-2627 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38811

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Chromatin modification-related protein ... , 3種, 3分子 CHE

#2: タンパク質 Chromatin modification-related protein EAF1 / ESA1-associated factor 1 / Vacuolar import and degradation protein 21


分子量: 39431.434 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 647-982 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06337
#4: タンパク質 Chromatin modification-related protein EAF5 / ESA1-associated factor 5


分子量: 31689.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39995
#8: タンパク質・ペプチド Chromatin modification-related protein EAF1 / ESA1-associated factor 1 / Vacuolar import and degradation protein 21


分子量: 4882.613 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 357-397 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06337

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タンパク質 , 3種, 3分子 DFG

#3: タンパク質 Eaf1-disorder domain


分子量: 42570.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#6: タンパク質 Actin-related protein 4 / Actin-like protein ARP4 / Actin-like protein 4


分子量: 54991.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P80428
#7: タンパク質 Actin


分子量: 41735.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P60010

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詳細

配列の詳細The authors know the sequence of the chain D but do not know how the coordinates align with the ...The authors know the sequence of the chain D but do not know how the coordinates align with the sequence. Therefore there are currently UNK (unknown residues) in this chain and the residue numbers in the coordinates are meaningless. The authors provide the sequence of the chain D as follows: MSSRPSSAVPNSASLSEDQSSDRSKFPKADDLIDERDRKLTELYCVSRLNQLLELTDENK LRKEIDAFLKKNDIRRGIRFDEASLPKLLHTAATPITKKKLKDVNLINVPNQRLSDSKMS RELPENSENVSVKSESHFVPSHDNSIRENMMDSLRPAEKTGGMWNKRPLESTMGGEEERH EKRQKMQSQSLESSNNSEMASLPISPRPPVPNALAHYTYYENIEYPPADPTEVQPAVKFK DPLIKNIMAKEIDTSDHYNENNVDALETVFLLMNDYIPSKIPQALPLAELKYMSQTLPLI NLIPRAHKALTTNIINNALNEARITVVGSRIEELRRLGLWSLRQPKRFIDPWKQHNTHQN ILLEEAKWMQADFKEGHKYKVAICTAMAQAIKDYWTYGEICCVKRKTLLPGKENKLSDDG RISEKSGRPSDTSRNDSDISIAGKDDIGIIANVDDITEKESAAANDNDENGKNEAGAKSD FDFADGLLSQEGAHDQIISSIDTKLLLKKPSSSSEVVLIQHEVAASSALIETEESKKELA PPFKLSIFVDELNTFEKTLIQDLPLYNGINEERPKKDDSLPFIPISKSVVSLDDNGFYKL LERQLIDEEPSISQLSKRRGMFYGNRRNHYLRPPAVPSLRYLQNRTPTIWLSEDDQELVK NINTYGYNWELISAHMTHRLTYSYLSNIERRTPWQCFERFVQLNERFNFSDLKGPRAHSA QQWLIEAHKFQQRQNRRISPLGVNTESIQRGHRRLRWASMFEAIRKCMKKRENTPRPNPT QPRKPLDCKNMKVPTPAEMSLLKAQRDEALRRDIQLRRTVKNRLQQRQQQSQQAHSSRAQ SPIPSNGKSSSNLARNGQASAPRPNQKQYTEQDIIESYSRKLLEQKPDIGPEMALKAAKN YYRTLREQQQQLKQHQIQQQRQQLQEESSHVQQLQQLQPGSQAPPPKSSPSQSSLSNISN INSAPRIKSPTPQEILQRFQKQ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NuA4 TEEAA sub-complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES
染色タイプ: NONE / 染色剤: Uranyl Formate
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2247: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63197 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.7 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00726223
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94836003
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.45119092
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0414746
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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