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- PDB-5y7t: Quaternary complex of AsqJ-Fe3+-2OG-D-cyclopeptin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7t
タイトルQuaternary complex of AsqJ-Fe3+-2OG-D-cyclopeptin
要素Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
キーワードOXIDOREDUCTASE / octahedron / ferric / initial step / D-cyclopeptin
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8R0 / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Liao, H.J.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Insights into the Desaturation of Cyclopeptin and its C3 Epimer Catalyzed by a non-Heme Iron Enzyme: Structural Characterization and Mechanism Elucidation.
著者: Liao, H.J. / Li, J. / Huang, J.L. / Davidson, M. / Kurnikov, I. / Lin, T.S. / Lee, J.L. / Kurnikova, M. / Guo, Y. / Chan, N.L. / Chang, W.C.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4654
ポリマ－34,9831
非ポリマー4823
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.471, 118.619, 66.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-543-

HOH

21B-593-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J


分子量: 34983.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 109-416 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-8R0 / (3R)-4-methyl-3-(phenylmethyl)-1,3-dihydro-1,4-benzodiazepine-2,5-dione / シクロペプチン


分子量: 280.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG1000, Imidazole, Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 17776 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 17776 / CC1/2: 0.889 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.05→28.262 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 870 4.91 %
Rwork0.1985 --
obs0.2006 17702 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 32 94 2344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1593146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6461887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0397-2.16740.30651280.27252714X-RAY DIFFRACTION92
2.1674-2.33470.29791340.24672568X-RAY DIFFRACTION87
2.3347-2.56950.32081580.22972954X-RAY DIFFRACTION100
2.5695-2.9410.27871340.22412973X-RAY DIFFRACTION99
2.941-3.7040.28391650.21242783X-RAY DIFFRACTION93
3.704-28.26520.17161510.15862840X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0997-0.24530.77081.76270.72922.4031-0.01360.6368-0.0044-0.25520.0613-0.58760.33040.63730.01010.31530.07780.04540.5373-0.06770.4073-10.6631-26.8122-20.5273
23.7435-1.1742-2.30612.34830.97765.35780.0503-0.25151.18360.00260.1464-0.319-1.15070.8973-0.13840.465-0.1262-0.08540.3768-0.00440.7189-11.5811-4.8677-8.643
32.69990.29371.05261.4544-0.29361.5566-0.1126-0.11560.20670.12980.0043-0.1483-0.0820.09550.1030.25580.03410.00350.2292-0.01820.2251-23.6545-18.2111-10.3696
41.7234-0.39160.59071.2352-0.07821.40080.2155-0.0854-0.13380.4833-0.0476-0.0970.44970.1325-0.14870.41780.1022-0.08150.3056-0.03550.3778-15.0123-32.0694-5.8266
50.6618-0.0527-0.23071.1323-0.16450.5489-0.0718-0.03040.07880.12140.1055-0.37970.07570.1916-0.01360.27640.0374-0.02920.3792-0.01710.3482-13.4662-22.3678-7.3798
61.41670.66690.21510.85980.47870.4342-0.10260.36990.76530.06390.1260.1974-0.37850.1791-0.0590.3467-0.0616-0.04170.27720.07580.4015-28.8607-6.9673-19.1527
72.35120.1881-0.05840.6214-0.32771.5635-0.10680.99540.7514-0.3957-0.05540.0721-0.27370.5580.09820.38790.0015-0.03040.44920.16350.4363-35.021-8.0202-27.6239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 9 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 41 through 57 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 58 through 161 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 162 through 191 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 192 through 232 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 233 through 259 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 260 through 295 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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