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- PDB-6k0e: The quinary complex of AsqJ-Fe-2OG-dehydrocyclopeptin-dioxygen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0e
タイトルThe quinary complex of AsqJ-Fe-2OG-dehydrocyclopeptin-dioxygen
要素Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
キーワードOXIDOREDUCTASE / AsqJ / epoxidation / dehydrocyclopeptin / dioxygen-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Chem-CO0 / : / HYDROGEN PEROXIDE / Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.707 Å
データ登録者Liao, H.J. / Chan, N.L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: The quinary complex of AsqJ-Fe-2OG-dehydrocyclopeptin-dioxygen
著者: Liao, H.J. / Chan, N.L.
履歴
登録2019年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6225
ポリマ－36,1071
非ポリマー5144
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Fe, 2OG, dehydrocyclopeptin
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.805, 119.638, 67.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-578-

HOH

21B-714-

HOH

31B-718-

HOH

41B-722-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J


分子量: 36107.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-CO0 / (3~{Z})-4-methyl-3-(phenylmethylidene)-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione


分子量: 278.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1000, Imidazole, calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 31565 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.54 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 2685 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y7R

5y7r


解像度: 1.707→29.294 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 1535 4.87 %
Rwork0.1782 --
obs0.18 31549 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.26 Å2 / Biso mean: 31.5963 Å2 / Biso min: 12.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.707→29.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 54 222 2494
Biso mean--33.99 38.23 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1393144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5111887
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7073-1.76240.24131110.2304231682
1.7624-1.82540.24521390.2156266497
1.8254-1.89840.26151250.2129275297
1.8984-1.98480.28411230.2042273398
1.9848-2.08940.27771340.1967274898
2.0894-2.22030.24651160.192279498
2.2203-2.39170.22361440.1945275698
2.3917-2.63220.24291610.1902277499
2.6322-3.01280.22171500.1897279199
3.0128-3.79450.20361830.172280299
3.7945-100.16651490.1487288497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1687-0.62641.87177.54121.54793.0514-0.02270.3152-0.0274-0.40070.034-0.5610.28330.63120.00080.21150.09930.05690.3739-0.0250.263-10.6573-27.0709-20.4678
25.8919-5.9725-5.9617.61736.2956.82770.0226-0.2810.9508-0.07220.1959-0.5691-0.98140.9671-0.44230.2699-0.0946-0.07330.3283-0.00050.4399-11.7323-5.0218-8.5072
31.82180.12540.40551.3811-0.22281.4338-0.0235-0.10760.07680.1343-0.0116-0.1273-0.0060.12780.02820.17740.0238-0.00070.1591-0.00780.1607-23.8176-18.4302-10.3928
43.63810.67981.8195.3046-0.46043.39980.3-0.1261-0.4570.3514-0.07-0.36140.53620.1353-0.23920.26680.1014-0.01340.2329-0.00030.2176-15.1535-32.2984-5.7077
51.379-0.1980.3661.92520.09161.6066-0.0265-0.10930.01370.24650.0333-0.440.11540.3617-0.01590.18280.0365-0.02760.25040.00270.2152-13.6073-22.6004-7.2516
62.66641.7694-1.33033.18810.27794.57940.01540.0970.4912-0.07870.04020.0989-0.43850.2021-0.08280.15520.0103-0.03860.13270.03730.2255-28.9928-7.2107-19.2457
73.66521.26140.32873.4326-0.02652.872-0.10140.52460.5425-0.20350.00810.0917-0.2980.22750.02910.2299-0.0158-0.01050.20860.08650.2372-35.0875-8.2396-27.8502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 9 through 40 )B9 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 41 through 57 )B41 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 58 through 161 )B58 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 162 through 191 )B162 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 192 through 232 )B192 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 233 through 259 )B233 - 259
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 260 through 295 )B260 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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