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- PDB-5y7p: Bile salt hydrolase from lactobacillus salivarius complex with gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7p
タイトルBile salt hydrolase from lactobacillus salivarius complex with glycocholic acid and cholic acid
要素Bile salt hydrolase
キーワードHYDROLASE / CONJUGATED BILE SALT ACID HYDROLASE / NTN-HYDROLASE / BILE ACIDS / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


choloylglycine hydrolase / lipid metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / : / Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin V Acylase; Chain A / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / GLYCOCHOLIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / choloylglycine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus salivarius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hu, X.-J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bile salt hydrolase from lactobacillus salivarius complex with glycocholic acid and cholic acid
著者: Xu, F. / Hu, X.-J. / Lin, J.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile salt hydrolase
B: Bile salt hydrolase
C: Bile salt hydrolase
D: Bile salt hydrolase
E: Bile salt hydrolase
F: Bile salt hydrolase
G: Bile salt hydrolase
H: Bile salt hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,83824
ポリマ－303,4188
非ポリマー4,42016
水17,817989
1
A: Bile salt hydrolase
B: Bile salt hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3817
ポリマ－75,8552
非ポリマー1,5275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
2
C: Bile salt hydrolase
D: Bile salt hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7345
ポリマ－75,8552
非ポリマー8793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
3
E: Bile salt hydrolase
F: Bile salt hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9276
ポリマ－75,8552
非ポリマー1,0724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
4
G: Bile salt hydrolase
H: Bile salt hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7966
ポリマ－75,8552
非ポリマー9414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.010, 94.090, 166.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Bile salt hydrolase


分子量: 37927.285 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus salivarius (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7H3P9

-
非ポリマー , 7種, 1005分子

#2: 化合物 ChemComp-GCH / GLYCOCHOLIC ACID / N-CHOLYLGLYCINE


分子量: 465.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43NO6
#3: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID


分子量: 408.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: shaft
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 20% polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium dihydrogen phosphate pH 4.8. Then crystal is soaked in this buffer containing 5 uM glycocholic acid for 4 hrs.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 143414 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 6716 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HKE

5hke


解像度: 2.1→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.575 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 7338 5.1 %RANDOM
Rwork0.15994 ---
obs0.16268 135874 94.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.19 Å20 Å2-1.28 Å2
2--2.58 Å2-0 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20630 0 309 989 21928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0219327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.97629132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.015345113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67352583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22325.421072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.208153583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1511581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.23249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0223749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3092.64710350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3062.64710343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3743.95812923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3743.95912924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8612.95511082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.862.95511082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2474.30616210
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.71930.91823542
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.70630.86523391
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 471 -
Rwork0.2 8971 -
obs--85.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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