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- PDB-5y6q: Crystal structure of an aldehyde oxidase from Methylobacillus sp.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y6q
タイトルCrystal structure of an aldehyde oxidase from Methylobacillus sp. KY4400
要素(Aldehyde oxidase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde oxidase molybdenum enzyme Methylobacillus sp. KY4400
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain ...: / : / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / ISOPROPYL ALCOHOL / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Aldehyde oxidase large subunit / Aldehyde oxidase medium subunit / Aldehyde oxidase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus sp. KY4400 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mikami, B. / Uchida, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用
ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an aldehyde oxidase from Methylobacillus sp. KY4400.
著者: Uchida, H. / Mikami, B. / Yamane-Tanabe, A. / Ito, A. / Hirano, K. / Oki, M.
#1: ジャーナル: Biosci. Biotechnol. Biochem. / 年: 2005
タイトル: Cloning and sequencing of the aldehyde oxidase gene from Methylobacillus sp. KY4400.
著者: Yasuhara, A. / Akiba-Goto, M. / Aisaka, K.
履歴
登録2017年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde oxidase small subunit
B: Aldehyde oxidase medium subunit
C: Aldehyde oxidase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,25329
ポリマ－136,0823
非ポリマー4,17226
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17110 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.972, 77.972, 400.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Aldehyde oxidase ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Aldehyde oxidase small subunit


分子量: 17311.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus sp. KY4400 (バクテリア)
遺伝子: aoms / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q84IY0
#2: タンパク質 Aldehyde oxidase medium subunit


分子量: 35616.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus sp. KY4400 (バクテリア)
遺伝子: aomm / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q84IX9
#3: タンパク質 Aldehyde oxidase large subunit


分子量: 83153.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus sp. KY4400 (バクテリア)
遺伝子: aoml / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q84IX8

-
非ポリマー , 9種, 533分子

#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#10: 化合物 ChemComp-MCN / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 696.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N8O13P2S2
#11: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The depositors state that the database UNP codes Q84IY0/Q84IX9 are incorrect at these positions.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate buffer, pH 5.5, 4-5% W/V isopropanol, 22-27% W/V PEG 4000, 10-16% W/V ammonium sulfate, red cubic flash cooled after brief soaking to the bottom solution containing 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 44006 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.022 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique obs: 1944 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.487 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
DENZO706データ削減
SCALEPACK706データスケーリング
MOLREP11.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G5H

5g5h


解像度: 2.5→46.116 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 2210 5.04 %
Rwork0.1778 --
obs0.1806 43878 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9310 0 221 507 10038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81413199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4855809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4998-2.55410.33911180.23132346X-RAY DIFFRACTION91
2.5541-2.61360.28611230.21472478X-RAY DIFFRACTION95
2.6136-2.67890.27781460.20312544X-RAY DIFFRACTION99
2.6789-2.75130.27571230.20572557X-RAY DIFFRACTION100
2.7513-2.83230.27671320.21022573X-RAY DIFFRACTION100
2.8323-2.92370.26361220.20332597X-RAY DIFFRACTION100
2.9237-3.02820.26831550.20192566X-RAY DIFFRACTION100
3.0282-3.14940.28251430.20872591X-RAY DIFFRACTION100
3.1494-3.29270.23931380.19712596X-RAY DIFFRACTION100
3.2927-3.46620.25551370.17912610X-RAY DIFFRACTION100
3.4662-3.68330.241530.16712617X-RAY DIFFRACTION100
3.6833-3.96750.20261500.16072619X-RAY DIFFRACTION100
3.9675-4.36650.1861390.14412650X-RAY DIFFRACTION100
4.3665-4.99770.17491240.14422695X-RAY DIFFRACTION100
4.9977-6.29410.20531490.17012706X-RAY DIFFRACTION100
6.2941-46.12390.19911580.16172923X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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