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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y6o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX | ||||||
![]() | Death domain-associated protein 6,Transcriptional regulator ATRX | ||||||
![]() | GENE REGULATION / Histone chaperone / Gene repressor | ||||||
機能・相同性 | ![]() post-embryonic forelimb morphogenesis / cellular response to diamide / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / SUMO-modified protein reader activity / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / chromosome, subtelomeric region ...post-embryonic forelimb morphogenesis / cellular response to diamide / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / SUMO-modified protein reader activity / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / chromosome, subtelomeric region / cellular response to sodium arsenite / Sertoli cell development / meiotic spindle organization / cellular response to hydroxyurea / DNA translocase activity / chromo shadow domain binding / positive regulation of telomere maintenance / condensed chromosome, centromeric region / transcription regulator inhibitor activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / protein localization to chromosome, telomeric region / nuclear androgen receptor binding / nuclear chromosome / seminiferous tubule development / replication fork processing / protein kinase activator activity / androgen receptor signaling pathway / regulation of protein ubiquitination / chromosome, centromeric region / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to unfolded protein / heterochromatin / pericentric heterochromatin / JNK cascade / forebrain development / cellular response to copper ion / Inhibition of DNA recombination at telomere / heat shock protein binding / methylated histone binding / cellular response to cadmium ion / helicase activity / SUMOylation of transcription cofactors / molecular condensate scaffold activity / multicellular organism growth / chromatin DNA binding / PML body / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / nucleosome assembly / Regulation of TP53 Degradation / p53 binding / chromatin organization / cellular response to heat / histone binding / spermatogenesis / regulation of gene expression / regulation of apoptotic process / DNA helicase / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / nuclear body / chromatin remodeling / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, H. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 著者: Huang, H. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 389.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 326.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 507.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 530.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2kzsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13686.805 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 詳細 (発現宿主): A modified RSFDuet plasmid with an N-terminal 6xHis-SUMO tag. 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using ...詳細: The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor. All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→167.74 Å / Num. obs: 34423 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4917 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.527 / Rrim(I) all: 1.449 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2KZS 解像度: 3.1→83.869 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.44
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→83.869 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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