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- PDB-5y6a: Crystal structure of the anti-CRISPR protein, AcrIIA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y6a
タイトルCrystal structure of the anti-CRISPR protein, AcrIIA1
要素chain A and B
キーワードVIRAL PROTEIN / Unknown function
機能・相同性Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Gp23
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes J0161 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ka, D. / An, S.Y. / Suh, J.Y. / Bae, E.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01111201 韓国
the Basic Science Research Program through the National Research Foundation of Korea funded by the Ministry of Education, Science and TechnologyNRF-2016R1D1A1A09916821 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an anti-CRISPR protein, AcrIIA1
著者: Ka, D. / An, S.Y. / Suh, J.Y. / Bae, E.
履歴
登録2017年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chain A and B
B: chain A and B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9362
ポリマ－34,9362
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.435, 55.420, 46.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 chain A and B


分子量: 17468.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes J0161 (バクテリア)
遺伝子: LMOG_03146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8ATW7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Mg Acetate, 13 % (w/v) PEG6000, 0.05 M Na cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21982 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 19.86
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y69

5y69


解像度: 2→28.326 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1100 5 %
Rwork0.1827 --
obs0.1851 21980 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 0 135 2527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9023264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.882936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.991-2.08160.30431250.23012379X-RAY DIFFRACTION91
2.0816-2.19130.22961380.2032633X-RAY DIFFRACTION100
2.1913-2.32860.27031390.20292629X-RAY DIFFRACTION100
2.3286-2.50830.25871370.1982616X-RAY DIFFRACTION100
2.5083-2.76050.25471390.19592636X-RAY DIFFRACTION100
2.7605-3.15950.25591390.19682636X-RAY DIFFRACTION100
3.1595-3.97880.21931400.17642655X-RAY DIFFRACTION100
3.9788-28.32870.19261430.1612696X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.32310.84830.75923.53410.99348.6510.08970.573-0.1761-0.19460.2513-0.07970.6188-0.5014-0.3150.3377-0.0376-0.03290.32960.01350.210430.34748.209145.895
28.9299-3.9898-1.57925.52841.07013.85580.32410.5428-0.5435-0.3555-0.2116-0.46870.2940.378-0.11050.2610.0155-0.01980.3795-0.03780.441952.013641.648561.0967
36.2081.1851.72992.67160.76275.3803-0.0246-0.13690.1830.19340.00940.1585-0.1304-0.3520.03550.25630.00970.02290.17080.00990.15627.046954.840167.4858
47.53561.6628-0.29055.9508-1.34515.7334-0.0550.2776-0.2449-0.1839-0.14220.41330.1893-0.470.18420.20840.0156-0.01830.3695-0.00870.32464.117243.588356.9587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 72 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 73 through 149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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