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万見
- PDB-5y61: YfiB-YfiR complexed with GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y61
タイトルYfiB-YfiR complexed with GMP
要素
  • YfiB
  • YfiR
キーワードSIGNALING PROTEIN / YfiB-YfiR complex / GMP / biofilm
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Negative regulator YfiR / Outer-membrane lipoprotein YfiB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Zhou, L. / Xu, M. / Jiang, T.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570768 中国
Strategic Priority Research ProgramXDB08010301 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the functional role of GMP in modulating the YfiBNR system
著者: Zhou, L. / Xu, M. / Jiang, T.
履歴
登録2017年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfiR
B: YfiB
C: YfiR
D: YfiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3785
ポリマ－65,0154
非ポリマー3631
水00
1
A: YfiR
B: YfiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8713
ポリマ－32,5072
非ポリマー3631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
2
C: YfiR
D: YfiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5072
ポリマ－32,5072
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.595, 58.422, 69.869
Angle α, β, γ (deg.)107.39, 97.28, 89.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 YfiR


分子量: 17429.523 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: yfiR, PA1121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L4
#2: タンパク質 YfiB


分子量: 15077.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: yfiB, PA1119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L6
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) , 8% w/v polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→42.21 Å / Num. obs: 14631 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 746 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EB1

5eb1


解像度: 2.99→42.207 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 688 5.02 %
Rwork0.1966 --
obs0.1997 13709 91.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→42.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4270 0 24 0 4294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2425888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1531661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004785
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9898-3.22060.31521130.24272096X-RAY DIFFRACTION73
3.2206-3.54450.31241280.23292602X-RAY DIFFRACTION91
3.5445-4.05710.28951680.21272731X-RAY DIFFRACTION97
4.0571-5.11010.22311340.16952818X-RAY DIFFRACTION98
5.1101-42.21110.22451450.18132774X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -52.7272 Å / Origin y: -20.7744 Å / Origin z: -28.6215 Å
111213212223313233
T0.1343 Å2-0.0072 Å20.0211 Å2-0.1315 Å20.018 Å2--0.1298 Å2
L0.3239 °20.074 °20.1714 °2-0.583 °20.2069 °2--0.3153 °2
S-0.0172 Å °0.0389 Å °-0.0065 Å °-0.0598 Å °0.0556 Å °-0.0465 Å °-0.0247 Å °0.0725 Å °-0.0198 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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