PDB-5y5r: Crystal structure of a novel Pyrethroid Hydrolase PytH with BIF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y5r

タイトル

Crystal structure of a novel Pyrethroid Hydrolase PytH with BIF

要素

Pyrethroid hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PytH

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium faniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Xu, D.Q. / Ran, T.T. / Wang, W.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of a Novel Pyrethroid Hydrolase from Sphingobium faniae JZ-2
著者: Xu, D.Q. / Ran, T.T. / He, J. / Wang, W.W.

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y5r.cif.gz	306.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y5r.ent.gz	250.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y5r_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y5r_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5y5r_validation.xml.gz	73.7 KB	表示
CIF形式データ	5y5r_validation.cif.gz	93.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y51C 5y57C 5y5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y57-3 4dgj-2 5y57-1 5ypi-4 3p8f-d 5y57-6 6tt8-d 4o97-d 4is5-d 2jen-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyrethroid hydrolase

B: Pyrethroid hydrolase

C: Pyrethroid hydrolase

D: Pyrethroid hydrolase

E: Pyrethroid hydrolase

F: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.857, 168.857, 123.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Pyrethroid hydrolase 分子量: 31438.330 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingobium faniae (バクテリア) / 遺伝子: pytH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VUS3
#2: 化合物	ChemComp-8NL / (2-methyl-3-phenyl-phenyl)methyl (1~{S})-3-[(~{E})-2-chloranyl-3,3,3-tris(fluoranyl)prop-1-enyl]-2,2-dimethyl-cyclopropane-1-carboxylate 分子量: 422.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂ClF₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.899→20 Å / Num. obs: 139606 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.9 % / Net I/σ(I): 7.91
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 41697 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2247: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.899→19.913 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	7012	5.02 %
R_work	0.2732	-	-
obs	0.2756	139583	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→19.913 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11367	0	204	471	12042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	11917
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.461	16353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.896	7053
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2178

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8988-1.9203	0.3697	205	0.3729	3679	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9203-1.9429	0.4588	216	0.3987	4410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9429-1.9666	0.401	247	0.3567	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9666-1.9915	0.3773	219	0.3583	4410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9915-2.0176	0.3756	217	0.3475	4382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0176-2.0453	0.3925	236	0.358	4390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0744	0.427	237	0.3679	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0744-2.1054	0.4136	225	0.3601	4401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1382	0.4244	245	0.3533	4414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1382-2.1732	0.3904	225	0.3312	4394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1732-2.2107	0.3613	225	0.3313	4416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2107-2.2508	0.4096	211	0.339	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2508-2.2941	0.3697	241	0.3436	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2941-2.3408	0.393	212	0.3244	4434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3408-2.3916	0.387	233	0.3148	4404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3916-2.4472	0.3642	229	0.3177	4430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4472-2.5082	0.3631	270	0.313	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5082-2.5759	0.3788	235	0.3044	4424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5759-2.6516	0.3407	243	0.2933	4455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6516-2.7369	0.3213	237	0.2747	4405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7369-2.8345	0.3298	239	0.2897	4459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8345-2.9476	0.3422	213	0.2981	4467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9476-3.0813	0.3545	251	0.2907	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0813-3.2431	0.3367	239	0.2737	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2431-3.4453	0.2998	264	0.2609	4461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4453-3.7098	0.2997	247	0.2349	4453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7098-4.0802	0.2777	231	0.2319	4508	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0802-4.664	0.2705	249	0.2049	4535	X-RAY DIFFRACTION	100
4.664-5.8513	0.2362	221	0.2109	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8513-19.9144	0.2296	250	0.1992	4766	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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