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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y5d | ||||||
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タイトル | The crystal structure of VrEH2 mutant M263W | ||||||
要素 | Epoxide hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Epoxide hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vigna radiata (リョクトウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, J.H. / Yu, H.L. / Zhou, J.H. / Kong, X.D. / Li, F.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of VrEH2 mutant M263W 著者: Xu, J.H. / Yu, H.L. / Zhou, J.H. / Kong, X.D. / Li, F.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5y5d.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5y5d.ent.gz | 61.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5y5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5y5d_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5y5d_full_validation.pdf.gz | 434.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5y5d_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5y5d_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5xm6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37388.359 Da / 分子数: 1 / 変異: G3F, V4I, M263W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 遺伝子: EH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R5NGA4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 % / 解説: rhombus |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, Tris-HCL, Ethylene glycol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 28594 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 38.444 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 28594 / Rsym value: 0.866 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XM6 解像度: 1.85→25.422 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.29
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.422 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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