PDB-5y57: Crystal structure of a Novel Pyrethroid Hydrolase from Sphingobiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y57

タイトル

Crystal structure of a Novel Pyrethroid Hydrolase from Sphingobium faniae JZ-2

要素

Pyrethroid hydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium faniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.961 Å

データ登録者

Xu, D.Q. / Ran, T.T. / He, J. / Wang, W.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of a Novel Pyrethroid Hydrolase from Sphingobium faniae JZ-2
著者: Xu, D.Q. / Ran, T.T. / He, J. / Wang, W.W.

履歴

登録	2017年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y57.cif.gz	303.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y57.ent.gz	248.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y57_validation.pdf.gz	520.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y57_full_validation.pdf.gz	560.8 KB	表示
XML形式データ	5y57_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	5y57_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y51C 5y5rC 5y5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y5v-5 4dgj-2 5y5r-3 4geg-2 1ln2-1 1ln3-1 5y51-5 5y5v-2 6qgo-1 6qe2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyrethroid hydrolase

B: Pyrethroid hydrolase

C: Pyrethroid hydrolase

D: Pyrethroid hydrolase

E: Pyrethroid hydrolase

F: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

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31.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.453, 168.453, 123.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Pyrethroid hydrolase 分子量: 31438.330 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingobium faniae (バクテリア) / 遺伝子: pytH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VUS3
#2: 化合物	ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸分子量: 172.202 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→20 Å / Num. obs: 125394 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 11.7 % / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 8.5 % / Num. unique obs: 16979 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2247: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.961→19.852 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3087	6268	5.01 %
R_work	0.255	-	-
obs	0.2577	125199	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.961→19.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11415	0	90	430	11935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11935
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	16357
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.094	7105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2184

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9609-1.9832	0.5048	131	0.4222	2695	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9832-2.0065	0.4039	220	0.379	3870	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0065-2.0309	0.409	163	0.3576	3989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0309-2.0566	0.4003	204	0.3529	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0566-2.0836	0.3714	202	0.3469	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0836-2.1121	0.3869	224	0.3365	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1121-2.1423	0.4023	203	0.3458	3967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1423-2.1742	0.3587	206	0.3276	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1742-2.2081	0.3951	194	0.3217	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2081-2.2443	0.3443	223	0.3179	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2443-2.2829	0.405	200	0.3188	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2829-2.3244	0.3572	204	0.3106	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3244-2.369	0.3847	217	0.3158	3984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.369-2.4173	0.395	220	0.3196	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4173-2.4698	0.3575	218	0.2985	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4698-2.5271	0.3655	219	0.294	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5271-2.5902	0.3531	193	0.2931	4008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5902-2.6601	0.3387	198	0.3019	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6601-2.7381	0.3718	223	0.2948	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7381-2.8263	0.3384	223	0.2913	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8263-2.927	0.3478	218	0.2862	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.927-3.0438	0.3639	231	0.2794	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0438-3.1818	0.33	221	0.2569	4028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1818-3.3488	0.2852	211	0.2467	4013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3488-3.5575	0.3119	205	0.2378	4052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5575-3.8303	0.2874	207	0.2266	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8303-4.2125	0.2664	197	0.2018	4094	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2125-4.8144	0.2526	266	0.1875	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8144-6.0372	0.2108	206	0.1966	4156	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0372-19.8534	0.2021	221	0.1806	4313	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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