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- PDB-5y56: Fc mutant (K392D/K409D/D399K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y56
タイトルFc mutant (K392D/K409D/D399K)
要素Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG Fc / homodimer / triple mutantion (K392D/K409D/D399K)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.653 Å
データ登録者Ye, S. / Xu, T. / Yu, J. / Wang, X. / Xu, T. / Jin, Q. / Duan, J. / Wu, J. / Wu, H.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500404 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB910300 中国
Ministry of Science and Technology (China)31525001 中国
Ministry of Science and Technology (China)31430019 中国
Ministry of Science and Technology (China)31370721 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A rational approach to enhancing antibody Fc homodimer formation for robust production of antibody mixture in a single cell line
著者: Yu, J. / Wang, X. / Xu, T. / Jin, Q. / Duan, J. / Wu, J. / Wu, H. / Xu, T. / Ye, S.
履歴
登録2017年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0834
ポリマ－47,1812
非ポリマー2,9022
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.130, 65.130, 477.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-657-

HOH

21B-632-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 23590.555 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 238-445 / 変異: K392D/K409D/D399K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Mammalian expression vector pCBio (その他) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-2-1-3-4-5-6/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1276.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpa1-6[DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, 0.1M Tris-Hcl (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.57 Å / Num. obs: 18054 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 50.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DN2

1dn2


解像度: 2.653→36.445 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2977 1804 10 %
Rwork0.2602 --
obs0.264 18043 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.653→36.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 196 95 3613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1764977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1592210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6526-2.72430.45691380.45681244X-RAY DIFFRACTION98
2.7243-2.80440.45281360.41111213X-RAY DIFFRACTION98
2.8044-2.89490.46321350.40161226X-RAY DIFFRACTION98
2.8949-2.99830.43521370.37771236X-RAY DIFFRACTION98
2.9983-3.11830.39441380.35561238X-RAY DIFFRACTION98
3.1183-3.26020.36981390.32781252X-RAY DIFFRACTION98
3.2602-3.43190.36341370.31051234X-RAY DIFFRACTION97
3.4319-3.64680.32951380.28151245X-RAY DIFFRACTION97
3.6468-3.9280.31361370.27911232X-RAY DIFFRACTION97
3.928-4.32270.24881420.23051275X-RAY DIFFRACTION96
4.3227-4.94690.23631390.19811241X-RAY DIFFRACTION94
4.9469-6.22760.25471400.21471262X-RAY DIFFRACTION93
6.2276-36.44860.27971480.24151341X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.97054.63784.8083.9684.34245.16041.0609-1.5211.3329-0.20190.10510.8008-1.75970.22641.09261.0997-0.43510.51251.0247-0.53260.921243.42070.7319-27.3972
23.76591.43491.4388.61042.55425.56490.16350.21490.7733-0.04770.49570.7437-0.20980.785-1.42970.8423-0.25530.20630.9078-0.12140.632843.526-0.8976-34.297
32.8349-1.2278-2.42747.8159-0.19287.37261.2786-0.34541.43050.3007-1.1202-1.3247-1.10990.2077-1.58860.9808-0.59060.38061.5546-0.70171.267555.896311.7986-28.2811
47.39920.96792.22999.68071.65283.91090.5585-1.46250.9053-0.26040.66110.0396-0.72690.7435-1.05280.6969-0.39510.341.1996-0.4091.013850.07510.7404-31.6072
53.34371.31260.10828.3361-0.5412.48090.2741-0.60970.24570.3375-0.0349-1.0552-0.30360.829-0.18270.5566-0.24670.12681.0343-0.18710.687750.9417-3.5236-30.3372
64.22012.1631-2.26216.57191.92272.37290.6789-0.8839-0.38971.494-0.1026-1.1647-0.44581.4667-0.61590.9456-0.3043-0.28541.2105-0.10630.674248.6346-4.5612-21.8686
77.8855-1.2074-2.17985.5129-0.88993.3503-0.69010.09351.6522-0.53630.32020.47570.298-1.39430.42330.6087-0.1973-0.0441.1812-0.34440.969510.2431-14.4329-29.3156
84.2853-1.60652.04441.95012.56977.6111-0.1068-0.0586-0.2255-0.2179-0.04180.06340.2538-0.20050.08660.5739-0.21260.08790.5577-0.06380.699824.5636-11.5599-29.9099
97.3495-2.4005-1.05845.04080.76273.9467-0.20480.680.3746-0.3715-0.370.91450.411-0.67620.32340.5395-0.1880.06660.682-0.06570.754415.1651-11.4876-32.7151
104.3814-0.92693.85565.5489-1.14693.9516-0.37141.8232-0.4175-0.3667-0.18520.272-0.33630.94420.5680.6322-0.09980.2420.9247-0.13410.637424.3177-17.0559-35.86
112.4766-1.62320.74293.5538-3.36863.6147-0.07161.7731-0.17210.5236-0.40350.29170.81160.39270.34310.6747-0.0837-0.03960.8781-0.28120.790926.0915-21.1426-35.7653
124.9979-1.40981.03435.57492.79226.5018-0.89320.47081.9094-0.94510.4944-0.1518-2.65731.99190.3281.6413-0.6474-0.15191.22470.05250.835826.251113.2637-2.4374
139.7042-4.48216.9398.388-6.26876.84442.56672.28631.3953-3.6627-2.5065-0.7817-2.39753.77950.37942.48270.1996-0.2741.5323-0.17691.246630.383813.7592.8707
142.5427-3.1569-2.89587.7725-0.22136.7837-0.07240.4620.0037-1.1814-0.8458-0.5356-3.33491.31970.57851.5673-0.3798-0.24971.08990.16230.86620.769516.957-8.9355
156.1173-0.79510.61269.23351.74977.4767-0.6185-0.2068-0.37180.764-0.07791.2360.8695-1.45610.53330.6052-0.20930.21940.9794-0.29290.722612.5753-10.8221-17.1732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 236 through 251 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 252 through 264 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 265 through 279 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 280 through 301 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 302 through 325 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 346 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 347 through 361 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 362 through 403 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 404 through 418 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 419 through 432 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 433 through 443 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 236 through 279 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 280 through 301 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 302 through 346 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 347 through 443 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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