PDB-5y4r: Structure of a methyltransferase complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y4r

タイトル

Structure of a methyltransferase complex

要素

Chemotaxis protein methyltransferase 1
Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608

キーワード

TRANSFERASE/PROTEIN BINDING / Complex / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamate O-methyltransferase / protein-glutamate O-methyltransferase activity / cyclic-di-GMP binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Yan, X. / Xin, L. / Tan, Y.J. / Jin, S. / Liang, Z.X. / Gao, Y.G.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural analyses unravel the molecular mechanism of cyclic di-GMP regulation of bacterial chemotaxis via a PilZ adaptor protein.
著者: Yan, X.F. / Xin, L. / Yen, J.T. / Zeng, Y. / Jin, S. / Cheang, Q.W. / Fong, R.A.C.Y. / Chiam, K.H. / Liang, Z.X. / Gao, Y.G.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5y4r.ent.gz	278.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5y4r_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y4r_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5y4r_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/5y4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/5y4r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5y4sC 5ftwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wnq-1 2w5f-2 5xly-d 6wt8-d 5xu6-4 4h38-d 2w5f-1 4uat-d 4rnz-d 2wys-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chemotaxis protein methyltransferase 1

D: Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608

B: Chemotaxis protein methyltransferase 1

C: Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Chemotaxis protein methyltransferase 1

D: Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chemotaxis protein methyltransferase 1

C: Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.521, 98.927, 110.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chemotaxis protein methyltransferase 1 分子量: 33023.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: cheR1, PA3348 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O87131, protein-glutamate O-methyltransferase
#2: タンパク質	Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608 / MapZ / c-di-GMP-binding protein PA4608 / Pilz domain-containing protein PA4608 分子量: 16932.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA4608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVI1
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, PEG 3350, lithium salfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→50 Å / Num. obs: 43900 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.75 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.64
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 6.91 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 6939 / CC_1/2: 0.568 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FTW

5ftw

解像度: 2.298→48.285 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	4329	9.86 %
R_work	0.1927	-	-
obs	0.1973	43897	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→48.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6230	0	244	179	6653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.964	8955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.624	2405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	970
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1121

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2976-2.3237	0.3593	135	0.3342	1240	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3237-2.351	0.3306	144	0.2889	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.351-2.3797	0.3627	149	0.2637	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.4098	0.3429	150	0.2822	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4098-2.4415	0.3505	146	0.27	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4415-2.475	0.3032	140	0.2623	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.5103	0.3339	158	0.2616	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5103-2.5478	0.2849	131	0.2523	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5478-2.5876	0.356	132	0.2551	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5876-2.63	0.3264	156	0.2586	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.6754	0.2835	133	0.2586	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6754-2.724	0.3032	157	0.2488	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.724-2.7764	0.3495	143	0.2566	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7764-2.8331	0.2941	149	0.2481	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8331-2.8947	0.3265	132	0.2631	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8947-2.962	0.3007	141	0.235	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.962-3.0361	0.2784	146	0.233	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0361-3.1182	0.2948	137	0.2274	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1182-3.2099	0.2982	145	0.2197	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2099-3.3135	0.276	148	0.2197	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3135-3.4319	0.2625	137	0.2104	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4319-3.5692	0.2529	145	0.1887	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5692-3.7316	0.224	147	0.1844	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7316-3.9283	0.1879	140	0.162	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9283-4.1743	0.1956	149	0.152	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1743-4.4963	0.1847	150	0.1445	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4963-4.9484	0.201	132	0.1411	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9484-5.6635	0.2016	144	0.1626	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6635-7.1318	0.2019	145	0.1713	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1318-48.2961	0.1751	168	0.1528	1441	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1191	-1.3009	-5.3261	5.6674	4.0119	6.7233	-0.2639	0.022	-0.9362	0.2221	-0.2088	0.8457	0.6868	-0.394	0.3793	0.5614	-0.0727	-0.1461	0.4943	0.0171	0.6502	-28.6586	4.5937	-21.8095
2	6.1149	1.4096	3.3049	2.1704	1.1148	5.0038	0.1897	-0.5725	0.2294	0.2194	-0.1892	0.0753	0.0399	-0.1183	0.0026	0.4058	0.0663	0.0517	0.4128	-0.0025	0.2948	-6.1581	22.9107	-9.3517
3	3.3404	0.6521	-0.8145	3.2761	-0.6952	3.1986	-0.0301	-0.2819	-0.1274	0.1527	-0.014	0.1569	0.1226	-0.1336	0.0655	0.3128	0.0724	-0.0369	0.2925	-0.0244	0.2821	-4.4669	23.3025	-14.3001
4	3.8639	0.635	-2.2564	3.6754	1.5571	2.3454	-0.2518	-0.0606	0.4626	-0.3437	0.0536	0.433	-0.6153	-0.4091	0.2793	0.7009	0.0089	-0.139	0.3032	0.0847	0.451	-15.3908	20.8945	-41.9842
5	6.1866	1.599	-4.7491	6.5494	3.1867	7.3984	0.2824	0.1359	-0.4332	-0.1647	-0.0699	-0.6801	0.7255	0.2963	-0.2837	0.7301	0.1298	-0.1952	0.4679	0.0054	0.3453	-5.3526	8.4199	-42.3913
6	5.3401	-0.1546	1.9686	5.5714	1.8318	1.8974	0.6031	0.5363	-0.7044	-0.0155	0.0983	-0.0828	1.522	0.3415	-0.6135	0.8844	0.1328	-0.1103	0.4681	-0.0807	0.459	-7.5137	6.1176	-43.0001
7	5.0867	1.2118	-2.8426	3.464	0.2991	4.7024	0.1534	0.3047	-0.1603	-0.375	-0.3231	0.1385	0.4217	-0.2793	0.1445	0.6009	0.0966	-0.158	0.3849	0.0102	0.3905	-13.6366	13.8034	-34.4852
8	5.3331	2.0472	5.3119	2.3688	2.0763	5.4166	-0.0237	-0.3093	0.716	0.0405	-0.8161	1.9617	0.6427	-0.7353	0.7005	0.5492	-0.014	0.0294	0.719	-0.031	0.6705	-25.486	18.2491	-33.8925
9	4.2021	3.3336	2.3387	4.9675	-0.418	3.397	0.0031	0.0833	0.2054	0.2328	0.0523	0.0048	-0.3435	0.6185	-0.0165	0.481	-0.0482	0.0572	0.5468	-0.1006	0.3464	37.3367	22.4954	-19.6665
10	3.8926	0.2796	-0.7081	4.1005	0.067	3.8563	-0.1135	-0.7044	-0.1767	0.5829	0.2074	-0.4417	0.2566	0.3393	-0.0629	0.5063	0.0808	-0.0774	0.4015	-0.007	0.3893	17.4507	-0.0687	-16.8739
11	5.6262	2.8052	0.0143	7.048	-3.0817	3.4258	0.276	1.1586	0.1539	-0.4099	0.007	-0.5423	0.5683	-0.048	-0.2047	0.5411	-0.0156	0.0769	0.396	-0.1135	0.4006	28.6898	15.7219	-43.8456
12	8.0288	-4.5745	2.3676	9.7208	-0.6477	7.6954	-0.0778	0.581	0.3275	-0.1222	0.0471	0.2348	-0.4118	-0.4536	0.0336	0.4017	-0.1067	0.0709	0.442	0.0344	0.3027	16.865	26.0519	-39.9356
13	3.6855	2.7411	5.7222	9.4837	3.9145	8.8636	-0.5809	0.9216	1.6008	-1.5003	0.3742	1.0053	-1.4036	0.2696	0.3601	0.9412	0.0393	0.1144	0.7702	0.1885	0.7086	16.3952	34.608	-46.1902
14	3.7359	1.347	-1.5521	4.6688	-1.2955	5.7989	0.1313	-0.0525	0.4496	0.2146	0.1955	-0.0444	-0.7116	0.3738	-0.1663	0.3578	-0.0234	0.0242	0.2804	0.0294	0.3041	19.8824	25.4383	-36.4326
15	2.3094	-0.4303	1.6865	5.7743	-2.2581	7.8989	-0.122	0.1138	0.1466	-0.0032	0.3113	-0.1239	-0.1991	-0.2705	-0.1661	0.2125	-0.0741	0.0587	0.3654	-0.0388	0.3522	25.7251	20.2988	-34.3748
16	5.4148	5.5672	-0.4201	5.7796	-0.7852	2.6796	0.2327	-0.0327	-1.0114	-0.3246	0.5355	-1.7233	0.3572	1.4892	-0.4387	0.5549	0.0302	0.0222	0.8384	-0.3269	0.7869	37.7451	14.7098	-34.6472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 147 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 148 through 274 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 6 through 18 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 19 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 45 through 79 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 80 through 108 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 109 through 124 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 3 through 80 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 81 through 274 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 6 through 18 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 19 through 44 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 45 through 56 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 57 through 79 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 80 through 106 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 107 through 123 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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