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- PDB-5y4l: PRRSV nsp4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y4l
タイトルPRRSV nsp4
要素Non-structural protein
キーワードVIRAL PROTEIN / 3C-like serine protease / apo-structure / virual protein / polyprotein processing
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting ...host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Chymotrypsin-like serine protease; domain 3 / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / : / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein ...Chymotrypsin-like serine protease; domain 3 / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / : / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Nsp1alpha N-terminal zinc finger / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Herpes Virus-1 / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Shi, Y.J. / Gang, Y. / Peng, G.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Vet. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Identification of two antiviral inhibitors targeting 3C-like serine/3C-like protease of porcine reproductive and respiratory syndrome virus and porcine epidemic diarrhea virus.
著者: Shi, Y. / Lei, Y. / Ye, G. / Sun, L. / Fang, L. / Xiao, S. / Fu, Z.F. / Yin, P. / Song, Y. / Peng, G.
履歴
登録2017年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Non-structural protein
A: Non-structural protein
C: Non-structural protein
D: Non-structural protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2364
ポリマ－88,2364
非ポリマー00
水4,756264
1
B: Non-structural protein
C: Non-structural protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1182
ポリマ－44,1182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
2
A: Non-structural protein
D: Non-structural protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1182
ポリマ－44,1182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.681, 86.117, 142.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Non-structural protein


分子量: 22058.947 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1780-1983 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
遺伝子: ORF1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1E8J1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Succinic acid pH 7.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 48853 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 11.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.198→37.544 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 2000 4.13 %
Rwork0.2129 --
obs0.2145 48378 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→37.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5784 0 0 264 6048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1698014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3972054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1978-2.25270.31521350.26423133X-RAY DIFFRACTION95
2.2527-2.31360.33791410.26033285X-RAY DIFFRACTION99
2.3136-2.38170.2731420.25023269X-RAY DIFFRACTION99
2.3817-2.45860.32311410.24553285X-RAY DIFFRACTION99
2.4586-2.54640.3311410.24213278X-RAY DIFFRACTION99
2.5464-2.64840.27551410.24413260X-RAY DIFFRACTION99
2.6484-2.76890.28081440.23513317X-RAY DIFFRACTION100
2.7689-2.91480.27051420.23573307X-RAY DIFFRACTION100
2.9148-3.09730.26511440.22583325X-RAY DIFFRACTION100
3.0973-3.33630.27421440.22843339X-RAY DIFFRACTION99
3.3363-3.67180.25911440.21363333X-RAY DIFFRACTION99
3.6718-4.20250.21481430.19913341X-RAY DIFFRACTION99
4.2025-5.29240.19661450.17393375X-RAY DIFFRACTION99
5.2924-37.54980.23621530.19053531X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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