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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y4i | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose isomerase in complex with glycerol in one metal binding mode | |||||||||
![]() | Xylose isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / glucose isomerase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bae, J.E. / Kim, I.J. / Nam, K.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glucose isomerase in complex with xylitol inhibitor in one metal binding mode 著者: Bae, J.E. / Kim, I.J. / Nam, K.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: xylA / 発現宿主: ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 % |
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結晶化 | 温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16%(w/v) PEG400 and 100mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 36324 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 18.26 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 5.16 / % possible all: 98.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1MNZ 解像度: 1.91→26.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.311 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.24 Å2 / Biso mean: 12.696 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→26.9 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.907→1.956 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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