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- PDB-5y3x: Crystal structure of endo-1,4-beta-xylanase from Caldicellulosiru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y3x
タイトルCrystal structure of endo-1,4-beta-xylanase from Caldicellulosiruptor owensensis
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / GH10 xylanase / Thermostability
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caldicellulosiruptor owensensis OL (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, X. / Sun, L.C. / Zhang, Y.B. / Liu, T.F. / Xin, F.J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
modern food processing and food storage and transportation technology and equipment2017YFD0400200 中国
National Natural Science Foundation of China31571963 中国
引用ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the Thermophilic Adaption Mechanism of Endo-1,4-beta-Xylanase from Caldicellulosiruptor owensensis.
著者: Liu, X. / Liu, T. / Zhang, Y. / Xin, F. / Mi, S. / Wen, B. / Gu, T. / Shi, X. / Wang, F. / Sun, L.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
C: Beta-xylanase
D: Beta-xylanase
E: Beta-xylanase
F: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,5636
ポリマ－254,5636
非ポリマー00
水20,1951121
1
A: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4271
ポリマ－42,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4271
ポリマ－42,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4271
ポリマ－42,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4271
ポリマ－42,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4271
ポリマ－42,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4271
ポリマ－42,4271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.650, 74.071, 137.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-xylanase


分子量: 42427.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor owensensis OL (バクテリア)
株: ATCC 700167 / DSM 13100 / OL / 遺伝子: Calow_0124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4Q2A4, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% Iso-Propanol, 2.2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.113 Å / Num. obs: 148527 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2567精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PMD

4pmd


解像度: 2.1→29.113 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 7446 5.01 %
Rwork0.1897 --
obs0.1916 148526 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.65 Å2 / Biso mean: 36.3408 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16626 0 0 1121 17747
Biso mean---39.45 -
残基数----1974
LS精密化 シェル解像度: 2.0998→2.1237 Å / Total num. of bins used: 30 /
Rfactor反射数
Rfree0.2667 241
Rwork0.223 4442
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3764-0.2816-0.31710.26290.15360.36580.22980.33370.1014-0.5263-0.3319-0.0081-0.6313-0.25330.14820.34360.4242-0.0253-0.07260.12060.2449-73.861510.9956-82.571
20.5366-0.5373-0.21631.6105-0.1750.66620.06970.07440.0756-0.0886-0.095-0.3548-0.16880.0267-0.00680.20910.02960.0130.1083-0.0020.279-62.2487.1303-67.9514
30.671-0.0019-0.11280.8130.14310.65740.06850.02510.02990.0548-0.1530.03050.0162-0.10930.0240.16540.02830.02840.1077-0.02260.1618-72.75921.6414-64.2506
40.3008-0.0787-0.43860.48570.21940.5890.13180.2666-0.1683-0.2487-0.38780.28-0.0451-0.54480.08670.18990.1069-0.0520.3585-0.09870.1951-80.5169-6.7097-83.9079
51.6901-0.41130.02430.66330.09580.83940.0288-0.14030.22110.2205-0.0241-0.2357-0.30260.1452-0.01520.2494-0.094-0.03970.29560.0180.3046-99.7033.9227-54.2708
60.8986-0.44230.79920.3755-0.49471.96810.0857-0.18220.20120.21780.01040.0766-0.0567-0.2226-0.02650.2327-0.00650.03090.2188-0.02580.2344-115.98246.5728-53.1354
73.75310.14491.73431.10720.16922.34050.0303-0.07010.26790.1318-0.10010.1043-0.3566-0.36210.11380.26840.0120.06280.2172-0.03210.2667-123.581214.4688-59.8359
80.54140.0009-0.15071.17720.1061.13030.15580.09220.1659-0.0002-0.09040.2013-0.0502-0.30820.04570.15170.03790.01760.21560.00970.2621-125.947.6435-71.7757
91.41140.82170.25042.98310.42281.18670.0868-0.0040.09550.0436-0.114-0.04090.1503-0.12310.01690.13850.00140.02720.24280.0510.1376-117.7516-2.6018-71.7438
100.6747-0.58480.15491.09470.88251.84890.07750.21590.0848-0.2938-0.22020.0077-0.0567-0.07540.02210.17020.0427-0.0030.31170.04290.2136-121.58913.1973-80.006
110.735-0.2537-0.25471.9895-0.7871.50720.03040.13870.02840.0187-0.0393-0.10860.1365-0.02050.01460.1318-0.00120.02790.19720.0110.1576-110.7522-5.7684-74.9642
120.61280.2384-0.17070.8472-0.39721.97020.0970.1033-0.042-0.0841-0.0184-0.03560.190.01860.00940.1510.003-0.00710.19730.01220.1777-106.141-8.2286-66.527
131.74930.8157-0.59050.7854-0.29520.6865-0.0352-0.2548-0.10440.0194-0.0492-0.17590.29420.04110.01620.2047-0.0357-0.01310.21990.00980.1703-107.8861-14.9423-50.8867
140.82850.1917-0.07950.94380.0280.85660.1183-0.11120.02170.1929-0.0907-0.0583-0.0794-0.1763-0.01750.2168-0.0331-0.01190.25620.00110.1648-109.454-5.4858-50.6259
150.50660.0648-0.07040.43880.14261.14310.04350.0752-0.0828-0.18060.02640.12140.1548-0.27670.05320.3402-0.0457-0.05630.1451-0.01410.2473-90.4977-21.7468-36.4705
160.93440.7350.50690.74910.09731.64410.007-0.10520.3008-0.0372-0.02570.32850.0118-0.27120.03550.1872-0.02330.01340.1197-0.00150.2825-93.703-9.4224-22.4402
170.83280.034-0.08340.541-0.01650.9510.0317-0.1477-0.06560.0195-0.0343-0.0070.0790.0527-0.00410.2149-0.0105-0.01630.11180.01350.174-81.3656-16.5147-19.3952
180.44010.09540.0070.9137-0.33890.6389-0.05710.1043-0.0947-0.05590.0264-0.08690.12180.14090.03980.27790.0304-0.01920.1475-0.01060.1822-72.3525-16.9391-41.3349
190.64810.71110.22011.13150.6060.4498-0.0555-0.1121-0.42760.07390.00130.05150.3155-0.09660.01520.5606-0.01180.02770.24010.07770.4238-108.0204-32.8069-100.4869
200.81770.0372-0.3360.8697-0.57771.6721-0.0676-0.35680.08580.1820.0094-0.2116-0.00970.2364-0.00720.27750.0832-0.02790.2739-0.02540.2751-94.0416-18.2375-101.9458
211.1793-0.77010.46810.58550.04411.80960.00590.10350.2895-0.1308-0.0792-0.196-0.06560.20170.03930.17110.06110.05320.14620.0220.2723-95.1486-9.1063-115.6092
221.28040.10560.03110.6155-0.14891.32360.05670.3122-0.0537-0.1636-0.0548-0.07160.1988-0.1543-0.04230.22880.04090.03120.2098-0.03210.1685-102.7401-15.4176-121.2375
230.837-0.244-0.49720.52120.16951.27710.0160.0826-0.31-0.0291-0.05030.10980.3325-0.4874-0.0340.2814-0.0911-0.00710.3603-0.0410.2809-116.1894-21.4187-112.5738
240.3322-0.0301-0.0192.07281.05730.9266-0.041-0.1643-0.1696-0.1215-0.0090.09660.1175-0.53750.1040.2808-0.054-0.02380.45440.02230.2888-121.2873-16.9292-97.0571
250.727-0.0583-0.10720.82860.18091.1828-0.1383-0.3838-0.19820.14230.15920.01850.2172-0.1980.03120.3205-0.01080.01810.36230.05240.2634-112.1981-20.0234-96.6861
260.65640.2283-0.31281.3841-0.48490.259-0.07870.44430.2621-0.1588-0.0444-0.2811-0.11750.3114-0.06310.2674-0.121-0.05350.71880.16640.4046-50.7823-4.8316-129.9126
270.23020.2227-0.35940.8379-0.63551.62310.14810.5704-0.1073-0.2735-0.0663-0.07490.18590.25540.05860.21040.09340.02390.5942-0.0420.225-56.9573-20.1488-130.7658
281.30990.8236-0.51252.0929-0.71271.6139-0.03130.41-0.2508-0.1668-0.0768-0.17120.40050.13130.1350.22910.172-0.00850.4035-0.11630.2475-54.0029-30.6856-123.7341
290.8438-0.53240.30430.64930.3180.9060.05460.0398-0.24250.0341-0.06830.15690.24860.19680.02890.22910.045-0.01350.20520.00980.3027-63.7808-28.159-113.9609
300.7422-0.31210.30870.9932-0.06360.8376-0.0462-0.0009-0.01020.226-0.0181-0.0499-0.06640.05630.01940.18590.0297-0.0270.1635-0.00810.1854-62.5841-18.143-108.5754
310.460.04780.40320.3511-0.00140.8815-0.17710.03120.1990.09290.0341-0.1217-0.25580.07450.08540.2697-0.0074-0.06190.20470.02920.2575-64.4851-3.8363-117.5224
321.08250.27471.0310.43380.27450.991-0.1596-0.05320.2008-0.1331-0.1413-0.1056-0.39440.09030.17960.2712-0.0183-0.04660.21590.01580.2353-70.8726-1.9033-132.4784
330.8594-0.11260.28190.67310.0641.23640.04470.52680.04010.0213-0.0621-0.17690.04760.47160.14570.19640.0015-0.01290.43640.06620.1945-64.1069-8.669-133.7998
340.4940.004-0.18690.8365-0.41520.8045-0.00820.1099-0.0107-0.19930.0601-0.21360.07870.4198-0.0010.1955-0.01640.05690.5892-0.07930.2453-118.290420.8645-129.8952
351.76280.548-0.42361.3806-0.27021.4592-0.08350.0865-0.1693-0.17550.141-0.10820.33360.01580.08750.21120.09220.01290.5163-0.09040.2444-117.77834.8677-123.7019
361.5237-0.6991-0.12620.43410.46791.5044-0.0346-0.18-0.0495-0.00440.00640.20720.2947-0.00860.0250.12570.11330.00110.4983-0.0130.2155-127.78077.1091-114.0611
370.6644-0.2288-0.05051.0161-0.0010.4607-0.1753-0.22680.04560.21750.2281-0.15010.00740.2727-0.02560.17050.0951-0.02640.4708-0.05810.1746-126.651916.8554-108.384
380.9803-0.2140.74710.8245-0.18121.61620.004-0.14310.2827-0.0420.3042-0.1483-0.15340.1447-0.07280.2166-0.0331-0.00840.4572-0.08020.2337-129.194332.3858-115.1982
390.80320.02230.22210.56470.23350.91870.10180.16230.2268-0.05740.0899-0.0767-0.25850.2469-0.14360.2837-0.07980.05880.4295-0.03340.2395-129.870529.699-131.3269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 78 )A9 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 108 )A79 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 224 )A109 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 225 through 337 )A225 - 337
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 26 )B9 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 57 )B27 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 58 through 78 )B58 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 79 through 127 )B79 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 128 through 152 )B128 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 153 through 173 )B153 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 174 through 205 )B174 - 205
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 206 through 251 )B206 - 251
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 252 through 286 )B252 - 286
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 287 through 337 )B287 - 337
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 9 through 78 )C9 - 78
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 79 through 108 )C79 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 109 through 251 )C109 - 251
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 252 through 337 )C252 - 337
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 9 through 26 )D9 - 26
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 27 through 78 )D27 - 78
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 79 through 108 )D79 - 108
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 109 through 205 )D109 - 205
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 206 through 251 )D206 - 251
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 252 through 286 )D252 - 286
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 287 through 337 )D287 - 337
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 9 through 26 )E9 - 26
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 27 through 57 )E27 - 57
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 58 through 78 )E58 - 78
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 79 through 108 )E79 - 108
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 109 through 205 )E109 - 205
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 206 through 251 )E206 - 251
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 252 through 287 )E252 - 287
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 288 through 337 )E288 - 337
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 9 through 57 )F9 - 57
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 58 through 78 )F58 - 78
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 79 through 108 )F79 - 108
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 109 through 204 )F109 - 204
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 205 through 239 )F205 - 239
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 240 through 337 )F240 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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