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- PDB-5y2e: Crystal structure of the oligomerization domain of NSP4 from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2e
タイトルCrystal structure of the oligomerization domain of NSP4 from the rotavirus strain NCDV
要素Non-structural glycoprotein 4
キーワードVIRAL PROTEIN / Antiparallel tetramer NSP4 Rotavirus Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


host caveola / host cell rough endoplasmic reticulum membrane / channel activity / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated activation of host autophagy / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus non-structural protein 4 / Rotavirus non structural protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural glycoprotein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Suguna, K. / Kumar, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT) Indian Institute of Science, (IISc) Partnership Program for Advanced Research in Biological Sciences and Bioengineering インド
引用ジャーナル: Arch. Virol. / 年: 2018
タイトル: New tetrameric forms of the rotavirus NSP4 with antiparallel helices.
著者: Kumar, S. / Ramappa, R. / Pamidimukkala, K. / Rao, C.D. / Suguna, K.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Non-structural glycoprotein 4
A: Non-structural glycoprotein 4
C: Non-structural glycoprotein 4
B: Non-structural glycoprotein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0004
ポリマ－23,0004
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.350, 48.140, 122.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Non-structural glycoprotein 4 / NSP4 / NCVP5 / NS28


分子量: 5749.946 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 95-140 / 変異: E120G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rotavirus A (strain RVA/Cow/United States/NCDV-Lincoln/1969/G6P6[1]) (ウイルス)
株: RVA/Cow/United States/NCDV-Lincoln/1969/G6P6[1] / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08434
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M tri-Sodium citrate dehydrate, 0.5M ammonium sulfate, 1.0M lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→61.38 Å / Num. obs: 7012 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→61.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.777 / ESU R Free: 0.353
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 336 4.8 %RANDOM
Rwork0.2372 ---
obs0.2389 6980 93.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.41 Å2 / Biso mean: 65.687 Å2 / Biso min: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.35 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----5.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→61.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 0 0 8 1403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191395
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9981866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.63333209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9165178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.526.22653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.78715305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.372158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0425.434724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0395.432723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2038.116898
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 23 -
Rwork0.34 479 -
all-502 -
obs--95.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.512-0.12690.841.8222-3.838512.5552-0.00630.0147-0.0082-0.13380.0191-0.04030.32620.2319-0.01270.0136-0.00020.00740.0209-0.01540.02930.7538.869-19.407
20.5489-0.0061-1.15210.6306-0.666912.94460.0013-0.0383-0.081-0.0658-0.02310.02290.51870.03540.02170.039-0.0122-0.00130.0153-0.00120.0185-5.1422.509-13.48
30.4514-0.04030.83570.48610.28611.1863-0.0364-0.0341-0.0132-0.01510.02680.0144-0.0356-0.23940.00960.0122-0.01770.00450.06370.0050.0132-9.7588.765-17.83
42.0511-0.60174.97741.1039-3.126417.6475-0.1381-0.01170.07250.0048-0.0719-0.1228-0.3395-0.04060.21010.0187-0.00150.020.0281-0.00870.0688-3.08213.446-11.886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D94 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3C94 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4B94 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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