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万見
- PDB-5y14: Crystal structure of LP-40/N44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y14
タイトルCrystal structure of LP-40/N44
要素
  • LP-40
  • N44
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / 6-HB / HIV-1 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, X. / He, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of China81630061, 81473255, 81673484, and 81271830 中国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Enfuvirtide (T20)-Based Lipopeptide Is a Potent HIV-1 Cell Fusion Inhibitor: Implications for Viral Entry and Inhibition
著者: Ding, X. / Zhang, X. / Chong, H. / Zhu, Y. / Wei, H. / Wu, X. / He, J. / Wang, X. / He, Y.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: N44
B: N44
A: N44
F: LP-40
E: LP-40
D: LP-40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2026
ポリマ－25,2026
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.830, 36.140, 53.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド N44


分子量: 5037.884 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 27-70 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q1HMR5
#2: タンパク質・ペプチド LP-40


分子量: 3362.629 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2M Sodium chloride, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 17147 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000(1.10.1_2155: ???)data processing
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.762→24.284 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 935 5.46 %
Rwork0.2074 --
obs0.2099 17132 89.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.762→24.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 0 132 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6622329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9161075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7621-1.8550.27661490.21192283X-RAY DIFFRACTION90
1.855-1.97110.27091320.20182336X-RAY DIFFRACTION91
1.9711-2.12320.25021360.19722363X-RAY DIFFRACTION91
2.1232-2.33670.22571420.17512329X-RAY DIFFRACTION91
2.3367-2.67450.25191130.18062367X-RAY DIFFRACTION90
2.6745-3.36820.24141310.21582351X-RAY DIFFRACTION90
3.3682-24.28620.25771320.22812168X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35780.02220.17780.93451.01912.1981-0.1953-0.17610.04070.4427-0.05770.16960.5886-0.2136-0.01610.1309-0.00050.04280.207-0.09250.17977.23060.028822.7923
2-0.08860.2726-0.04550.69780.18861.692-0.0245-0.06590.05980.00060.1137-0.0250.04580.4224-0.06940.10040.0301-0.01730.192-0.06870.126314.38014.633621.0062
31.3149-0.3055-0.34451.4835-0.32342.948-0.0252-0.1140.0824-0.702-0.27530.2426-1.1983-0.6524-0.05310.06680.0277-0.00560.1242-0.04380.15486.60897.96917.9301
41.9078-0.40310.47671.42380.36772.0440.0540.08630.31050.2416-0.55590.51770.2721-1.0287-0.08310.1876-0.02530.02310.2226-0.06890.29640.4097-4.706412.212
51.33420.16710.29191.6924-0.08951.4275-0.3724-0.1153-0.31420.33450.0051-0.07930.82730.1939-0.07360.22070.0365-0.02770.17480.01390.157118.6115-6.5216.7344
61.72790.234-0.19652.27031.68253.49640.02980.01250.4714-0.57980.0306-0.0545-0.84980.34160.06220.3174-0.0013-0.01060.1568-0.01860.327612.3638.36265.3279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'S' and (resid 28 through 71 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 27 through 70 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 70 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'W' and (resid 127 through 153 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'Q' and (resid 127 through 152 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 127 through 152 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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