PDB-5y12: Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 5-((4-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y12

タイトル

Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 5-((4-methoxynaphthalene)-1-sulfonamido)pentanoic acid

要素

Fatty acid-binding protein, adipocyte

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / FABP4 / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / cellular response to lithium ion / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Su, H.X. / Liu, Q.F. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: From hit to lead: Structure-based discovery of naphthalene-1-sulfonamide derivatives as potent and selective inhibitors of fatty acid binding protein 4
著者: Gao, D.D. / Dou, H.X. / Su, H.X. / Zhang, M.M. / Wang, T. / Liu, Q.F. / Cai, H.Y. / Ding, H.P. / Yang, Z. / Zhu, W.L. / Xu, Y.C. / Wang, H.Y. / Li, Y.X.

履歴

登録	2017年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y12.cif.gz	45.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y12.ent.gz	28.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y12_validation.pdf.gz	795.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y12_full_validation.pdf.gz	795.5 KB	表示
XML形式データ	5y12_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	5y12_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0fC 5y0gC 5y0xC 5y13C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hz9-2 5y0x-d 4d6b-d 6ljv-d 5hz9-3 6ljt-d 2rsc-d 6ljx-d 5ggo-2 5lsh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein, adipocyte

ヘテロ分子

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.560, 53.610, 75.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4 分子量: 16911.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物	ChemComp-8JX / 5-[(4-methoxynaphthalen-1-yl)sulfonylamino]pentanoic acid 分子量: 337.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M trisodium citrate, PH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→37.71 Å / Num. obs: 25482 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.731 % / B_iso Wilson estimate: 14.35 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 20.27 / Num. measured all: 95072 / Scaling rejects: 0

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	3.4	0.17	7.42	6423	1934	1889	0.972	0.203	97.7
1.8-1.84	3.78	0.137	9.79	6831	1824	1807	0.986	0.161	99.1
1.84-1.9	3.798	0.109	11.46	6885	1819	1813	0.991	0.127	99.7
1.9-1.96	3.795	0.092	13.53	6649	1760	1752	0.993	0.107	99.5
1.96-2.02	3.808	0.076	14.8	6390	1687	1678	0.995	0.089	99.5
2.02-2.09	3.771	0.067	16.63	6147	1635	1630	0.995	0.079	99.7
2.09-2.17	3.784	0.065	17.68	6031	1597	1594	0.996	0.076	99.8
2.17-2.26	3.76	0.059	19.23	5632	1501	1498	0.996	0.069	99.8
2.26-2.36	3.791	0.053	20.55	5527	1465	1458	0.997	0.062	99.5
2.36-2.47	3.79	0.049	22.11	5332	1412	1407	0.997	0.058	99.6
2.47-2.61	3.786	0.045	24.21	4956	1321	1309	0.997	0.053	99.1
2.61-2.77	3.737	0.041	25.69	4694	1257	1256	0.997	0.049	99.9
2.77-2.96	3.745	0.037	28	4389	1177	1172	0.998	0.043	99.6
2.96-3.2	3.75	0.036	30.88	4121	1107	1099	0.997	0.042	99.3
3.2-3.5	3.727	0.034	32.83	3749	1012	1006	0.997	0.04	99.4
3.5-3.91	3.676	0.034	34.42	3334	911	907	0.997	0.039	99.6
3.91-4.52	3.626	0.031	33.7	2915	819	804	0.998	0.037	98.2
4.52-5.53	3.617	0.029	34.78	2326	670	643	0.997	0.035	96
5.53-7.83	3.701	0.032	33.9	1928	530	521	0.998	0.038	98.3
7.83-37.71	3.402	0.029	34.46	813	286	239	0.998	0.035	83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.75→37.71 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 19.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2003	2544	9.98 %
R_work	0.1696	-	-
obs	0.1727	25479	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.27 Å² / B_iso mean: 17.28 Å² / B_iso min: 6.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→37.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1054	0	23	89	1166
B_iso mean	-	-	15.76	22.62	-
残基数	-	-	-	-	136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	1485
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.902	419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7499-1.7836	0.2798	141	0.1972	1256	1397	97
1.7836-1.82	0.1913	143	0.1732	1275	1418	99
1.82-1.8596	0.2023	143	0.1624	1252	1395	100
1.8596-1.9028	0.1776	147	0.1653	1304	1451	100
1.9028-1.9504	0.2096	140	0.1582	1275	1415	100
1.9504-2.0032	0.2115	140	0.1675	1269	1409	100
2.0032-2.0621	0.1957	144	0.1592	1292	1436	100
2.0621-2.1287	0.2191	146	0.165	1264	1410	100
2.1287-2.2047	0.1753	137	0.1657	1294	1431	100
2.2047-2.293	0.2537	136	0.168	1273	1409	99
2.293-2.3973	0.2209	143	0.1758	1292	1435	100
2.3973-2.5237	0.2491	142	0.1863	1295	1437	100
2.5237-2.6818	0.2304	138	0.2002	1275	1413	99
2.6818-2.8888	0.255	139	0.2011	1276	1415	100
2.8888-3.1793	0.2144	147	0.1841	1280	1427	99
3.1793-3.6391	0.16	144	0.1519	1284	1428	99
3.6391-4.5836	0.1492	143	0.141	1260	1403	99
4.5836-37.7187	0.1793	131	0.1707	1219	1350	94

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)