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- PDB-5y0x: Crystal structure of human FABP4 complexed with ligand 2-fluoro-3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y0x
タイトルCrystal structure of human FABP4 complexed with ligand 2-fluoro-3-((4-methoxynaphthalene)-1-sulfonamido)benzoic acid
要素Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FABP4 / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid transport / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid transport / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8JR / Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.604 Å
データ登録者Su, H.X. / Liu, Q.F. / Xu, Y.C.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: From hit to lead: Structure-based discovery of naphthalene-1-sulfonamide derivatives as potent and selective inhibitors of fatty acid binding protein 4
著者: Gao, D.D. / Dou, H.X. / Su, H.X. / Zhang, M.M. / Wang, T. / Liu, Q.F. / Cai, H.Y. / Ding, H.P. / Yang, Z. / Zhu, W.L. / Xu, Y.C. / Wang, H.Y. / Li, Y.X.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2872
ポリマ－16,9111
非ポリマー3751
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)32.737, 53.994, 75.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4


分子量: 16911.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物 ChemComp-8JR / 2-fluoranyl-3-[(4-methoxynaphthalen-1-yl)sulfonylamino]benzoic acid


分子量: 375.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14FNO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M trisodium citrate, PH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 17836 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 12.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.894 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 190676
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.637.50.3928230.9590.1310.4140.87490.8
1.63-1.667.90.4188280.9760.1380.4410.86994.3
1.66-1.698.20.3888290.9810.1270.4090.89891.8
1.69-1.728.70.377980.9760.1210.390.96591.1
1.72-1.769.40.3258540.9870.1020.3420.94596
1.76-1.8100.3218750.9850.10.3370.86895.5
1.8-1.8510.40.2778650.9870.0850.291.02298.7
1.85-1.910.70.2458890.9870.0760.2571.02999.9
1.9-1.95110.2179080.9910.0660.2271.048100
1.95-2.0210.70.1838990.9910.0570.1921.048100
2.02-2.0911.30.1699030.9920.0520.1771.02799.9
2.09-2.1712.20.1559120.9940.0460.1620.98100
2.17-2.2712.70.1388860.9940.0410.1440.95599.9
2.27-2.3912.50.1229050.9950.0360.1270.939100
2.39-2.5412.20.1129220.9960.0340.1170.912100
2.54-2.7411.90.0989250.9950.030.1030.909100
2.74-3.0112.70.0839220.9960.0240.0870.84100
3.01-3.4511.80.0669220.9970.020.070.725100
3.45-4.3410.80.0559440.9970.0170.0580.56799.8
4.34-5010.20.05410270.9950.0180.0570.52699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.604→43.918 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 861 5.17 %
Rwork0.1894 --
obs0.1916 16646 91.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 44.62 Å2 / Biso mean: 15.4721 Å2 / Biso min: 4.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.604→43.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 26 118 1198
Biso mean--21.44 24.82 -
残基数----136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8241483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.469906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6036-1.70410.24791280.19812059218774
1.7041-1.83560.24831230.19022330245382
1.8356-2.02040.21381280.18642652278093
2.0204-2.31270.23231540.182328362990100
2.3127-2.91370.24361620.204828893051100
2.9137-43.93460.22561660.184130193185100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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