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万見
- PDB-5y07: Crystal structure of adenine phosphoribosyltransferase from Yersi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y07
タイトルCrystal structure of adenine phosphoribosyltransferase from Yersinia pseudotuberculosis with PRPP.
要素Adenine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Adenine phosphoribosyl transferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PRP / Adenine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Pavithra, G.C. / Ramagopal, U.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of adenine phosphoribosyltransferase from Yersinia pseudotuberculosis with PRPP
著者: Ramagopal, U.A. / Pavithra, G.C.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine phosphoribosyltransferase
B: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2078
ポリマ－40,3322
非ポリマー8756
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.301, 86.292, 48.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenine phosphoribosyltransferase / APRT


分子量: 20165.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌)
株: IP32953 / 遺伝子: apt, YPTB0991 / プラスミド: LIC-PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q66DQ2, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 % / Mosaicity: 0.689 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG3350, 0.1M Tris-Hcl pH 8.5, 0.2M Sodium Acetate with 5mM PRPP, Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5403 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5403 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 22014 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 56729
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.07-2.112.20.1418770.9610.1040.1760.80773
2.11-2.142.50.13211230.9690.0950.1640.71797.7
2.14-2.192.60.11411290.9770.0820.1410.69498.1
2.19-2.232.60.10311400.9780.0730.1270.71797.9
2.23-2.282.60.09311260.9860.0660.1140.80997.6
2.28-2.332.60.08811460.9850.0620.1080.86697.8
2.33-2.392.60.07911280.9870.0560.0970.85797.7
2.39-2.452.60.07711470.9880.0540.0950.86497.8
2.45-2.532.60.06711470.990.0480.0830.95397.2
2.53-2.612.60.0611120.9920.0420.0740.98498.1
2.61-2.72.60.06111460.9920.0430.0751.1496.5
2.7-2.812.60.05211170.9940.0370.0641.04796.4
2.81-2.942.60.04911130.9950.0340.061.15396
2.94-3.092.60.04211330.9950.030.0521.09395.1
3.09-3.292.60.03910850.9960.0280.0481.09994.3
3.29-3.542.60.03510790.9960.0250.0441.20892.5
3.54-3.92.60.0310790.9970.0220.0371.04391.1
3.9-4.462.50.03110780.9960.0220.0391.03291
4.46-5.622.60.02810460.9960.0210.0350.92289.4
5.62-502.60.02910630.9950.0210.0370.93187.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MB6

4mb6


解像度: 2.07→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2351 / WRfactor Rwork: 0.1867 / FOM work R set: 0.8434 / SU B: 9.198 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.2206 / SU Rfree: 0.1869 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 1140 5.2 %RANDOM
Rwork0.1865 ---
obs0.189 20856 94.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.15 Å2 / Biso mean: 25.037 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2716 0 48 71 2835
Biso mean--29.28 22.35 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2762.0083859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06836258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1465361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81824.259108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32215474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5091514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02530
LS精密化 シェル解像度: 2.073→2.126 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 79 -
Rwork0.192 1365 -
all-1444 -
obs--83.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91040.2357-0.15430.61420.12470.3735-0.037-0.0466-0.08340.0431-0.0134-0.03780.04170.06060.05040.01590.0132-0.00980.0199-0.00140.04178.8904-16.29725.3394
20.7909-0.1758-0.03460.66110.37860.34120.01550.17920.1614-0.0203-0.02540.03580.00930.00110.00990.01360.0018-0.00360.04110.03820.0468-0.2025-0.391112.8498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1((chain 'A' and resid 8 through 186) or (chain 'A' and resid 201 through 203))A8 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2((chain 'B' and resid 8 through 185) or (chain 'B' and resid 201 through 203))B8 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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