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- PDB-5xz4: The X-tay structure of Bumblebee PGRP-SA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xz4
タイトルThe X-tay structure of Bumblebee PGRP-SA
要素Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA
キーワードIMMUNE SYSTEM / Bumblebee / PGRP-SA
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / innate immune response / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA
類似検索 - 構成要素
生物種Bombus (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Huang, J.X. / Zhao, X.M. / An, J.D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of ChinaNO.31672500 中国
Agricultural Science and Technology Innovation ProgramCAAS-ASTIP-2015-IAR 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into the Preferential Binding of PGRP-SAs from Bumblebees and Honeybees to Dap-Type Peptidoglycans Rather than Lys-Type Peptidoglycans.
著者: Liu, Y.J. / Zhao, X.M. / Huang, J.X. / Chen, M.M. / An, J.D.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA
B: Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9646
ポリマ－38,5542
非ポリマー4104
水6,089338
1
A: Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5914
ポリマ－19,2771
非ポリマー3143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
2
B: Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3732
ポリマ－19,2771
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.950, 49.940, 78.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-464-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bumblebee peptidoglycan recognition protein SA


分子量: 19276.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombus (昆虫) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A452CSL6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 72461 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S2J

1s2j


解像度: 1.41→38.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.458 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.013
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20903 3635 5 %RANDOM
Rwork0.18501 ---
obs0.18622 68420 95.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.276 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.01 Å20 Å22.37 Å2
2---7.13 Å2-0 Å2
3---3.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.41→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2606 0 23 338 2967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9283641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5355332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.14724.333120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89915454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0091.1831334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.321.7731664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5881.471354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.33417.6924075
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.41532688
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.7815242
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.44752725
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 262 -
Rwork0.379 4917 -
obs--94.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0884-0.03840.05470.2171-0.02570.1085-0.0131-0.02460.00020.0083-0.0014-0.0111-0.0092-0.0070.01450.0025-0.0009-0.00050.0434-0.00110.0149-18.7071-17.8915.181
20.0919-0.0498-0.11580.085-0.02580.34160.0022-0.0160.01490.01180.0116-0.0062-0.02650.0008-0.01380.00630.0007-0.00350.048-0.00380.0079-1.6854-17.17929.0421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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