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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xz1 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Homo Sapiens cytoplasmic ribosomal decoding site in complex with G418 | ||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / ribosome / decoding site / G418 | 機能・相同性 | GENETICIN / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.008 Å | データ登録者 | Kanazawa, H. / Tsurumi, N. / Kondo, J. | 引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: Structural studies of aminoglycoside antibiotics G418 and its derivatives with readthrough activities 著者: Kanazawa, H. / Tsurumi, N. / Baasov, T. / Kondo, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xz1.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xz1.ent.gz | 44.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xz1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xz1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xz1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xz1_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xz1_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7049.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-GET / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2-methyl-2,4-pentandiol, Sodium cacodylate, Spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.01→48.013 Å / Num. obs: 5988 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.285 % / Biso Wilson estimate: 54.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 12.46 / Num. measured all: 19672 / Scaling rejects: 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.008→48.013 Å / FOM work R set: 0.8176 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.05 Å2 / Biso mean: 59.13 Å2 / Biso min: 33.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.008→48.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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