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Yorodumi- PDB-5xz1: Crystal structure of the Homo Sapiens cytoplasmic ribosomal decod... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xz1 | ||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the Homo Sapiens cytoplasmic ribosomal decoding site in complex with G418 | ||||||||||||||||||||
Components | RNA (5'-R(*Keywords | RNA / ribosome / decoding site / G418 | Function / homology | GENETICIN / RNA / RNA (> 10) | Function and homology information Biological species | synthetic construct (others) | Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.008 Å | Authors | Kanazawa, H. / Tsurumi, N. / Kondo, J. | Citation | Journal: To Be Published | Title: Structural studies of aminoglycoside antibiotics G418 and its derivatives with readthrough activities Authors: Kanazawa, H. / Tsurumi, N. / Baasov, T. / Kondo, J. History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xz1.cif.gz | 61.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xz1.ent.gz | 44.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xz1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xz1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xz1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 5xz1_validation.xml.gz | 6.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5xz1_validation.cif.gz | 7.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 7049.243 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-GET / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2-methyl-2,4-pentandiol, Sodium cacodylate, Spermine tetrahydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.01→48.013 Å / Num. obs: 5988 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.285 % / Biso Wilson estimate: 54.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 12.46 / Num. measured all: 19672 / Scaling rejects: 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.008→48.013 Å / FOM work R set: 0.8176 / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.05 Å2 / Biso mean: 59.13 Å2 / Biso min: 33.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.008→48.013 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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