PDB-5xz0: Staphylococcal Enterotoxin B (SEB) mutant S19 - N23A, Y90A, R110A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xz0

タイトル

Staphylococcal Enterotoxin B (SEB) mutant S19 - N23A, Y90A, R110A and F177A

要素

Staphylococcal enterotoxin B

キーワード

TOXIN / Staphylococcal aureus / Enterotoxin / SEB

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.002 Å

データ登録者

Jeong, W.H. / Song, D.H. / Hur, G.H. / Jeong, S.T.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of the staphylococcal enterotoxin B vaccine candidate S19 showing eliminated superantigen activity
著者: Jeong, W.H. / Song, D.H. / Hur, G.H. / Jeong, S.T.

履歴

登録	2017年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xz0.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xz0.ent.gz	158.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xz0_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xz0_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	5xz0_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	5xz0_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c56S 4rgmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2p76-5 1uns-d 3gp7-2 3gcz-d 2p76-2 1fhe-d 1goz-2 1ste-d 1goz-1 4jef-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Staphylococcal enterotoxin B

B: Staphylococcal enterotoxin B

55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Staphylococcal enterotoxin B

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Staphylococcal enterotoxin B

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.565, 174.630, 48.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-93- CYS

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(chain A and (resid 9 through 53 or resid 55...
2	1	1	(chain B and (resid 9 through 53 or resid 55...

#1: タンパク質	Staphylococcal enterotoxin B 分子量: 27597.080 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-263 / 変異: N23A, Y90A, R110A, F177A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: seb, SACOL0907 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WZB2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.47 % / 解説: cubic, 0.05mm
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M Potassium Fluoride 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.001→41.153 Å / Num. obs: 15421 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 3.0017→3.0534 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4C56, 4RGM

4c56

4rgm

解像度: 3.002→41.153 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	1548	10.04 %
R_work	0.2037	-	-
obs	0.2077	15415	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.002→41.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3668	0	0	34	3702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5	5045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.042	2266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	646

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1692	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1692	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0017-3.0985	0.3323	134	0.2676	1246	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0985-3.2092	0.3084	139	0.2501	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2092-3.3377	0.2718	141	0.2376	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3377-3.4895	0.2945	136	0.2197	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4895-3.6734	0.2644	136	0.202	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6734-3.9033	0.2148	140	0.1961	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9033-4.2044	0.2234	135	0.1735	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2044-4.627	0.1792	144	0.1644	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
4.627-5.2954	0.2067	142	0.1699	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2954-6.667	0.2201	145	0.2057	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
6.667-41.1569	0.2867	156	0.2343	1344	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5621	0.9109	-0.0457	1.5627	0.0794	1.8133	-0.0544	-0.4228	0.0929	0.0617	-0.035	-0.0505	0.4838	0.2378	0.0324	0.2712	0.0579	-0.0624	0.1588	0.019	0.274	-41.3912	-11.9019	16.0777
2	4.232	1.7323	-0.1213	2.8197	-0.3873	2.162	-0.0973	-0.0203	0.457	-0.0084	0.0142	0.3171	0.1361	-0.0628	0.1038	0.2518	0.0003	-0.0269	0.0725	-0.0448	0.1942	-50.4586	-9.8638	11.76
3	4.2156	0.6833	-0.4198	2.2903	-0.4211	0.6238	0.0336	-0.3534	-0.625	-0.0279	-0.1534	-0.1601	0.7371	-0.1781	-0.0913	0.3325	-0.1166	0.001	0.2507	-0.0316	0.2675	-51.4293	-20.018	14.6683
4	1.7181	-1.0158	-0.0744	4.1711	0.4107	2.6787	-0.0789	-0.101	-0.0968	0.3455	-0.0028	0.0097	0.1374	-0.3621	0.0587	0.1784	-0.0833	-0.0207	0.2279	0.0413	0.2208	-11.9133	-45.8895	16.0578
5	4.2197	0.0357	0.2578	2.8449	1.4359	4.116	-0.0702	-0.2718	-0.236	-0.4823	-0.0437	-0.3511	0.3571	-0.3244	0.1439	0.2659	0.0189	0.01	0.1448	-0.0213	0.2318	-6.8957	-51.2837	12.8047
6	3.2452	-1.1702	-0.7904	4.1716	0.2387	1.93	0.0582	-0.0272	0.3022	0.0341	-0.0906	-0.2738	-0.288	-0.0258	0.0741	0.1697	0.1154	-0.0327	0.236	0.0785	0.1975	-13.9053	-30.7025	11.1159
7	1.8597	-0.8747	0.7251	3.5426	0.5209	1.0011	-0.1625	-0.1559	-0.093	0.4596	-0.1382	0.6048	-0.1938	-0.7247	0.06	0.2764	0.0177	0.0036	0.2742	-0.0258	0.2449	-18.1445	-37.2658	16.5044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 236 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 77 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 78 through 120 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 121 through 199 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 200 through 236 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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