+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xyn | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of Csm2-Psy3-Shu1-Shu2 complex from budding yeast | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Comlex / REPLICATION | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / Shu complex / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / recombinational repair / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / nucleolus ...positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / Shu complex / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / recombinational repair / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / nucleolus / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, S. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Structural basis for the functional role of the Shu complex in homologous recombination. 著者: Zhang, S. / Wang, L. / Tao, Y. / Bai, T. / Lu, R. / Zhang, T. / Chen, J. / Ding, J. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xyn.cif.gz | 164.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5xyn.ent.gz | 127 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xyn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xyn_validation.pdf.gz | 457.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5xyn_full_validation.pdf.gz | 470.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xyn_validation.xml.gz | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xyn_validation.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xyn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28427.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSY3, YLR376C, L8039.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12318 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 24983.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSM2, YIL132C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40465 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17138.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SHU1, YHL006C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38751 |
#4: タンパク質 | 分子量: 26152.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SHU2, YDR078C, D4436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38957 |
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M potassium sodium tartrate, 10% PEG 10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 24375 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→44.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.731 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.3→44.33 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|