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- PDB-5xy1: Crystal structure of Lyn kinase domain in complex with N-(1H-inda... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xy1
タイトルCrystal structure of Lyn kinase domain in complex with N-(1H-indazol-6-yl)-8-(piperidin-4-yloxy)-6-propylquinazolin-2-amine
要素Tyrosine-protein kinase Lyn
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation ...C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / regulation of B cell receptor signaling pathway / tolerance induction to self antigen / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / integrin alpha2-beta1 complex / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of mast cell proliferation / negative regulation of mast cell proliferation / glycosphingolipid binding / platelet degranulation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of mast cell degranulation / phosphorylation-dependent protein binding / regulation of platelet aggregation / dendritic cell differentiation / regulation of B cell apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / oligodendrocyte development / Signaling by Erythropoietin / response to carbohydrate / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / CD28 co-stimulation / Platelet Adhesion to exposed collagen / negative regulation of immune response / histamine secretion by mast cell / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / CD22 mediated BCR regulation / platelet-derived growth factor receptor binding / gamma-tubulin binding / EPH-Ephrin signaling / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / toll-like receptor 4 signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Regulation of KIT signaling / postsynaptic specialization, intracellular component / leukocyte migration / CTLA4 inhibitory signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / EPHA-mediated growth cone collapse / Dectin-2 family / negative regulation of B cell proliferation / B cell homeostasis / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mitochondrial crista / PECAM1 interactions / regulation of cell adhesion mediated by integrin / FCGR activation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / response to axon injury / response to amino acid / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / hematopoietic progenitor cell differentiation / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / fatty acid transport / Growth hormone receptor signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of glial cell proliferation / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / regulation of cytokine production / EPHB-mediated forward signaling / ephrin receptor binding / CD209 (DC-SIGN) signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to hormone / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / negative regulation of protein phosphorylation / erythrocyte differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / DNA damage checkpoint signaling / Regulation of signaling by CBL / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Cell surface interactions at the vascular wall / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / adherens junction
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily ...Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8H0 / Tyrosine-protein kinase Lyn
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kim, H.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Lyn kinase domain in complex with N-(1H-indazol-6-yl)-8-(piperidin-4-yloxy)-6-propylquinazolin-2-amine
著者: Kim, H.T.
履歴
登録2017年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Lyn
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2002
ポリマ－31,7981
非ポリマー4021
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)128.864, 128.864, 55.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Lyn / Lck/Yes-related novel protein tyrosine kinase / V-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene ...Lck/Yes-related novel protein tyrosine kinase / V-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene homolog / p53Lyn / p56Lyn


分子量: 31797.541 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 239-512 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-(1H-indazol-6-yl)-8-(piperidin-4-yloxy)-6-propylquinazolin-2-amine
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYN, JTK8
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P07948, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-8H0 / N-(1H-indazol-6-yl)-8-piperidin-4-yloxy-6-propyl-quinazolin-2-amine


分子量: 402.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 23% PEG3350, 0.1M NaCl and 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8833 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 562 / Rsym value: 0.476 / Χ2: 0.886 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A4O

3a4o


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 15.599 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.139 / ESU R Free: 0.347 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26011 446 4.8 %RANDOM
Rwork0.21366 ---
obs0.21581 8833 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2036 0 30 4 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.9882860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6834702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5355251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43623.77890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55415378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3031512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.197.011010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1917.0071009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.70610.5021259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.70510.5071260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9097.2441106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9087.2451107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.33510.7811602
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.46156.1552500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.46156.1642501
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 35 -
Rwork0.316 641 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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