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- PDB-5xxk: Structure-activity studies of Mdm2/Mdm4-binding stapled peptides ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xxk
タイトルStructure-activity studies of Mdm2/Mdm4-binding stapled peptides comprising non-natural amino acids
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
  • Hydrocarbon stapled peptide THC-SER-PHE-0EH-GLU-TYR-6CW-ALA-LEU-LEU-MK8-NH2
キーワードONCOPROTEIN/INHIBITOR / E3 ubiqutin ligase / ONCOPROTEIN / ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / fibroblast activation / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / fibroblast activation / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to iron ion / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / positive regulation of muscle cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / blood vessel development / ligase activity / cellular response to alkaloid / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / response to magnesium ion / cellular response to UV-C / protein sumoylation / cellular response to actinomycin D / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of protein export from nucleus / ubiquitin binding / response to cocaine / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / establishment of protein localization / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to gamma radiation / Oncogene Induced Senescence / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to growth factor stimulus / response to toxic substance / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / p53 binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / glutamatergic synapse / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Phage display vector pTDisp (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Brown, C.J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
A-STAR シンガポール
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structure-activity studies of Mdm2/Mdm4-binding stapled peptides comprising non-natural amino acids.
著者: Chee, S.M.Q. / Wongsantichon, J. / Siau, J. / Thean, D. / Ferrer, F. / Robinson, R.C. / Lane, D.P. / Brown, C.J. / Ghadessy, F.J.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: Hydrocarbon stapled peptide THC-SER-PHE-0EH-GLU-TYR-6CW-ALA-LEU-LEU-MK8-NH2
D: Hydrocarbon stapled peptide THC-SER-PHE-0EH-GLU-TYR-6CW-ALA-LEU-LEU-MK8-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3804
ポリマ－30,3804
非ポリマー00
水2,234124
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: Hydrocarbon stapled peptide THC-SER-PHE-0EH-GLU-TYR-6CW-ALA-LEU-LEU-MK8-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1902
ポリマ－15,1902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: Hydrocarbon stapled peptide THC-SER-PHE-0EH-GLU-TYR-6CW-ALA-LEU-LEU-MK8-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1902
ポリマ－15,1902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.520, 106.410, 39.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 13689.576 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-125 / 変異: M62A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / プラスミド: PGEX 6.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Hydrocarbon stapled peptide THC-SER-PHE-0EH-GLU-TYR-6CW-ALA-LEU-LEU-MK8-NH2


分子量: 1500.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage display vector pTDisp (その他)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04M Citric acid, 0.06M Bis-Tris propane pH 6.4, 20% (v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→25.16 Å / Num. obs: 33120 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.256 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2414 / Rpim(I) all: 0.323 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UMN

4umn


解像度: 1.66→25.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.052 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2088 1646 5 %RANDOM
Rwork0.18749 ---
obs0.18856 31426 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3---2.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.66→25.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1753 0 0 124 1877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4522.0482426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94534009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.795201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.18223.97373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63615318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.719158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8412.988832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8332.99826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8894.4731031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8774.4741026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4873.334959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4863.334960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1524.8461396
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.70234.752027
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.62234.2481997
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 126 -
Rwork0.294 2269 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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