PDB-5xxa: beta-1,4-mannanase-SeMet-RmMan134A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xxa

タイトル

beta-1,4-mannanase-SeMet-RmMan134A

要素

endo-1,4-beta-mannanase

キーワード

HYDROLASE / protocolSeleno-methionine

機能・相同性

: / Glycosyl hydrolase family 134 / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizopus microsporus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Jiang, Z.Q. / You, X. / Yang, D. / Huang, P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of endo-1,4-beta-mannanase at 1.76 Angstroms resolution.
著者: Jiang, Z.Q. / You, X. / Yang, D. / Huang, P.

履歴

登録	2017年7月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xxa.cif.gz	81.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xxa.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xxa_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xxa_full_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示
XML形式データ	5xxa_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	5xxa_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1vrm-d 5xtj-d 2z1f-d 1wc6-2 6szo-d 2cnv-d 1rpq-1 4qms-d 4qnu-7 4qnu-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: endo-1,4-beta-mannanase

B: endo-1,4-beta-mannanase

36.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.614, 59.083, 124.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	endo-1,4-beta-mannanase 分子量: 18380.725 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizopus microsporus (菌類) / 遺伝子: BCV71DRAFT_26579, RMCBS344292_04886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1NDE2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Hcl, tri-Sodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→42.81 Å / Num. obs: 36268 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 27 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
HKL-3000	データ削減
HKL-3000	データスケーリング
HKL-3000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→42.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	2000	-
R_work	0.186	-	-
obs	-	36267	98 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→42.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2466	0	0	417	2883

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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