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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xwi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomonas showing covalent intermediate | ||||||
![]() | Alkaline phosphatase PhoK | ||||||
![]() | HYDROLASE / alkaline phosphatase / reaction intermediate | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside triphosphate metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / vacuole / dephosphorylation / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / zinc ion binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bihani, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomonas showing covalent intermediate 著者: Bihani, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 167.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3q3qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61200.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 291分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate 100mM MES Buffer, pH 6.5, 1mM pNPP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979576 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→42.4 Å / Num. obs: 54473 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.98 Å / 冗長度: 4.04 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3Q3Q 解像度: 1.872→42.384 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.59
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.872→42.384 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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