PDB-5xwi: Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xwi

タイトル

Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomonas showing covalent intermediate

要素

Alkaline phosphatase PhoK

キーワード

HYDROLASE / alkaline phosphatase / reaction intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.872 Å

データ登録者

Bihani, S.C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomonas showing covalent intermediate
著者: Bihani, S.C.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xwi.cif.gz	213.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xwi.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xwi_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xwi_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5xwi_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	5xwi_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q3qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xqc-2 5e19-d 4iui-d 5dks-d 5tlo-d 3dsi-2 6wok-1 5dz3-d 5kcd-d 1pcg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkaline phosphatase PhoK

ヘテロ分子

61.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.600, 87.600, 168.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-951- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Alkaline phosphatase PhoK / SPAP protein 分子量: 61200.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: phoK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1YYW7, alkaline phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 291分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6M Ammonium Sulfate 100mM MES Buffer, pH 6.5, 1mM pNPP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979576 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979576 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→42.4 Å / Num. obs: 54473 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.56
反射シェル	解像度: 1.87→1.98 Å / 冗長度: 4.04 % / R_merge(I) obs: 0.68 / CC_1/2: 0.69 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q3Q

3q3q

解像度: 1.872→42.384 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	2720	5 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1735	54407	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.872→42.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3766	0	14	286	4066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	5285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.777	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	698

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8719-1.906	0.2939	140	0.2543	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
1.906-1.9426	0.2671	140	0.2395	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9426-1.9823	0.2694	141	0.2149	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9823-2.0254	0.2421	142	0.2144	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0254-2.0725	0.2594	139	0.2171	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0725-2.1243	0.2398	142	0.1894	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1243-2.1818	0.2066	143	0.1766	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1818-2.246	0.2207	143	0.1658	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.246-2.3185	0.1779	141	0.1661	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3185-2.4013	0.2476	142	0.1599	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4013-2.4975	0.1879	143	0.1639	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4975-2.6111	0.2187	143	0.1724	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6111-2.7487	0.2239	144	0.1639	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7487-2.9209	0.2215	144	0.171	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9209-3.1464	0.2005	144	0.1807	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1464-3.4629	0.2185	145	0.1615	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4629-3.9637	0.1818	147	0.1543	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9637-4.9925	0.1631	148	0.1428	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9925-42.3946	0.2259	149	0.1833	2842	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7453	-1.1361	0.3195	1.3697	-0.9674	1.9741	-0.1211	0.0547	0.0809	0.1336	0.0535	-0.0275	-0.1614	-0.0764	0.0494	0.1901	-0.0639	-0.0543	0.2328	0.0532	0.2034	-0.4983	17.2915	-5.2875
2	1.3662	1.4146	-0.2379	2.5085	1.409	2.6912	0.2714	0.2059	-0.3629	-0.4762	-0.1677	0.4042	0.1006	-0.3792	-0.0751	0.3168	-0.044	-0.2116	0.4828	-0.0074	0.4364	-17.1721	9.5052	-27.9431
3	1.9173	-0.5375	-0.1221	2.0904	0.0096	1.8308	-0.0678	0.1348	0.0339	0.0218	0.0997	0.2096	-0.195	-0.4335	0.0131	0.1716	-0.0073	-0.0524	0.3913	0.0931	0.2536	-14.3767	24.3667	-15.4255
4	6.1385	-1.0328	-1.9132	1.6895	0.2548	0.6031	-0.0377	0.7384	0.5786	-0.0642	-0.1664	-0.2931	-0.316	0.2468	0.1875	0.2443	-0.0658	-0.0797	0.5444	0.2096	0.3223	-3.0494	29.5622	-27.9864
5	0.7077	-0.1051	0.4967	1.2215	-1.7989	2.8257	0.1426	0.6239	0.2071	-0.3498	-0.3793	-0.1758	0.1998	0.8033	0.2946	0.2592	0.0836	0.037	0.7274	0.1942	0.3294	18.8547	11.724	-21.6406
6	2.5253	-1.5142	-1.248	0.9281	0.6176	2.4762	0.1145	0.7357	0.3714	-0.1531	-0.3706	-0.2806	-0.2134	0.2589	0.1966	0.2132	-0.0519	-0.0477	0.5491	0.1885	0.3118	7.6213	23.1702	-23.8561
7	1.4311	-0.9832	0.7977	0.988	-0.8209	1.7577	-0.0461	0.3495	0.2885	0.0808	-0.1753	-0.1845	-0.1943	0.1897	0.1635	0.1805	-0.0873	-0.0637	0.28	0.0967	0.2373	4.5833	20.2234	-12.8793
8	0.7005	0.1269	0.3231	0.0721	-0.0835	0.5574	0.1964	0.3524	-0.4672	-0.469	-0.0088	0.4115	0.6543	-0.044	-0.2249	0.6592	-0.1131	-0.361	0.4151	-0.1144	0.5726	-6.9886	-8.626	-21.9912
9	1.4462	-0.4417	1.0697	0.5152	-0.3919	0.7912	0.304	0.1072	-0.3995	-0.2258	0.079	0.4267	0.5545	-0.3347	-0.0816	0.3449	-0.2043	-0.1774	0.3909	0.0681	0.4858	-9.9937	-2.7707	-12.1324
10	1.7371	-1.2038	0.5766	2.4485	-0.0987	2.7045	-0.2181	-0.1112	-0.0284	0.3626	0.2162	0.2035	-0.2332	-0.3944	0.0295	0.2154	-0.0146	-0.0142	0.2504	0.0754	0.201	-5.8625	16.9984	0.2186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 140 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 141 through 184 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 185 through 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 219 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 280 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 281 through 357 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 358 through 424 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 425 through 487 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 488 through 556 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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