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万見
- PDB-5xwg: Crystal structure of a novel RNA motif that allows for precise po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xwg
タイトルCrystal structure of a novel RNA motif that allows for precise positioning of a metal ion
要素RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*UP*(5BU)P*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*C)-3')
キーワードRNA / metal-ion-binding motif / X-ray analysis
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Kanazawa, H. / Kondo, J.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
the Ichiro Kanehara Foundation 日本
AMED 日本
the Japan Science Society 日本
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a novel RNA motif that allows for precise positioning of a single metal ion.
著者: Kanazawa, H. / Kondo, J.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*UP*(5BU)P*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1184
ポリマ－4,8551
非ポリマー2633
水00
1
A: RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*UP*(5BU)P*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*C)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*UP*(5BU)P*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2358
ポリマ－9,7102
非ポリマー5266
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_445-x-1,-y-1/2,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area5440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.544, 80.544, 80.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-5-

C

21A-102-

SR

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*UP*(5BU)P*CP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*C)-3')


分子量: 4854.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.57 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium cacodylate, spermine tetrahydrochloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, strontium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.91972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.002→56.953 Å / Num. obs: 3373 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 101.31 Å2 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrystalClearデータ削減
AutoSol位相決定
精密化解像度: 3.002→21.526 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.89
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 305 9.07 %
Rwork0.217 --
obs0.2177 3364 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.06 Å2 / Biso mean: 90.52 Å2 / Biso min: 60.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.002→21.526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 320 3 0 323
Biso mean--133.35 --
残基数----15
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.439588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.16379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.368183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0017-3.77850.21321240.225915471671100
3.7785-21.52690.22811810.21451512169399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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