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- PDB-5xw6: Crystal structure of the chicken ATP-gated P2X7 receptor channel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xw6
タイトルCrystal structure of the chicken ATP-gated P2X7 receptor channel in the presence of competitive antagonist TNP-ATP at 3.1 Angstroms
要素P2X purinoceptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Ligand-gated ion channel / P2X receptor / P2X7 receptor / TNP-ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / The NLRP3 inflammasome / : / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / phagolysosome assembly / : ...Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Platelet homeostasis / The NLRP3 inflammasome / : / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / phagolysosome assembly / : / phospholipid transfer to membrane / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / pore complex assembly / positive regulation of interleukin-1 alpha production / negative regulation of cell volume / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / collagen metabolic process / : / plasma membrane phospholipid scrambling / response to fluid shear stress / positive regulation of prostaglandin secretion / bleb assembly / ceramide biosynthetic process / vesicle budding from membrane / cellular response to dsRNA / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of bone resorption / skeletal system morphogenesis / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to ATP / response to zinc ion / T cell homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 / synaptic vesicle exocytosis / membrane depolarization / membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of bone mineralization / T cell proliferation / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / extrinsic apoptotic signaling pathway / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / positive regulation of glycolytic process / reactive oxygen species metabolic process / mitochondrion organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / lipopolysaccharide binding / protein catabolic process / neuromuscular junction / cell morphogenesis / protein processing / response to calcium ion / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-6 production / cell-cell junction / presynapse / postsynapse / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / external side of plasma membrane / protein phosphorylation / neuronal cell body / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P2X7 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-128 / P2X purinoceptor
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kasuya, G. / Hattori, M. / Nureki, O.
資金援助 日本, 中国, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16H06294 日本
Japan Society for the Promotion of Science24227004 日本
the Ministry of Science and Technology of China2016YFA0502800 中国
the National Natural Science Foundation of China31570838 中国
the National Natural Science Foundation of China31650110469 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the competitive inhibition of the ATP-gated P2X receptor channel
著者: Kasuya, G. / Yamaura, T. / Ma, X.B. / Nakamura, R. / Takemoto, M. / Nagumo, H. / Tanaka, E. / Dohmae, N. / Nakane, T. / Yu, Y. / Ishitani, R. / Matsuzaki, O. / Hattori, M. / Nureki, O.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: P2X purinoceptor
A: P2X purinoceptor
B: P2X purinoceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8449
ポリマ－112,0263
非ポリマー2,8186
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16890 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area45360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.038, 113.038, 333.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNchain AAB27 - 3466 - 325
2ASNASNchain BBC27 - 3466 - 325
3NAGNAGchain CCA - D27 - 5016

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要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor


分子量: 37341.848 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 42-360 / 変異: N190Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N190Q mutation / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: P2RX7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1C6P3
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-128 / SPIRO(2,4,6-TRINITROBENZENE[1,2A]-2O',3O'-METHYLENE-ADENINE-TRIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 718.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N8O19P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5 M sodium sulfate, 0.05 M lithium chloride, 0.05 M Tris, pH 8.0, 32% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→29.88 Å / Num. obs: 40271 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.242 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 241339 / Scaling rejects: 29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.1-3.236.11.3450.6490.5781.468100
11.17-29.885.40.1020.9870.0490.11494.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F1C

5f1c


解像度: 3.1→29.88 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 3773 5.08 %
Rwork0.2197 --
obs0.2212 40046 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.26 Å2 / Biso mean: 74.9505 Å2 / Biso min: 26.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7752 0 180 0 7932
Biso mean--100.54 --
残基数----960
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4511X-RAY DIFFRACTION15.416TORSIONAL
12B4511X-RAY DIFFRACTION15.416TORSIONAL
13C4511X-RAY DIFFRACTION15.416TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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