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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xvm | ||||||
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タイトル | Sterol 3-beta-glucosyltransferase (ugt51) from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) | ||||||
![]() | Sterol 3-beta-glucosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glycotransferase / complex / native | ||||||
機能・相同性 | ![]() sterol 3beta-glucosyltransferase / sterol 3-beta-glucosyltransferase activity / : / : / : / ascospore-type prospore membrane formation / sterol biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / sterol metabolic process / lipid glycosylation ...sterol 3beta-glucosyltransferase / sterol 3-beta-glucosyltransferase activity / : / : / : / ascospore-type prospore membrane formation / sterol biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / sterol metabolic process / lipid glycosylation / carbohydrate metabolic process / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feng, Y. / Chen, L.-Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural dissection of sterol glycosyltransferase UGT51 from Saccharomyces cerevisiae for substrate specificity. 著者: Chen, L.-Q. / Zhang, Y. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53829.738 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 722-1198 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG26, UGT51, YLR189C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, Tris pH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→53.15 Å / Num. obs: 22991 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.82 Å / CC1/2: 0.576 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5GL5 解像度: 2.77→51.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 22.583 / SU ML: 0.413 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.483 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.77→51.01 Å
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拘束条件 |
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