PDB-5xv4: Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xv4

タイトル

Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA

要素

Autophagy-related protein 101
Autophagy-related protein 13

キーワード

PROTEIN BINDING / AUTOPHAGY / ATG101 / ATG13 / HORMA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Kim, B.-W. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: Autophagy / 年: 2018
タイトル: The C-terminal region of ATG101 bridges ULK1 and PtdIns3K complex in autophagy initiation.
著者: Kim, B.-W. / Jin, Y. / Kim, J. / Kim, J.H. / Jung, J. / Kang, S. / Kim, I.Y. / Kim, J. / Cheong, H. / Song, H.K.

履歴

登録	2017年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	5xuySC 5xv3C 5xv6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xv3-1 5xuy-1 5xv3-2 5xv6-d 6fjk-1 6de2-d 4f48-d 3i1f-2 6fl3-1 2xpw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Autophagy-related protein 13

B: Autophagy-related protein 101

C: Autophagy-related protein 13

D: Autophagy-related protein 101

E: Autophagy-related protein 13

F: Autophagy-related protein 101

G: Autophagy-related protein 13

H: Autophagy-related protein 101

I: Autophagy-related protein 13

J: Autophagy-related protein 101

K: Autophagy-related protein 13

L: Autophagy-related protein 101

M: Autophagy-related protein 13

N: Autophagy-related protein 101

O: Autophagy-related protein 13

P: Autophagy-related protein 101

369 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Autophagy-related protein 13

B: Autophagy-related protein 101

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, 1:1 hetero dimer, SAXS, 1:1 hetero dimer
46.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Autophagy-related protein 13

D: Autophagy-related protein 101

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46.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Autophagy-related protein 13

F: Autophagy-related protein 101

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46.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Autophagy-related protein 13

H: Autophagy-related protein 101

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46.2 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Autophagy-related protein 13

J: Autophagy-related protein 101

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6

K: Autophagy-related protein 13

L: Autophagy-related protein 101

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7

M: Autophagy-related protein 13

N: Autophagy-related protein 101

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8

O: Autophagy-related protein 13

P: Autophagy-related protein 101

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.287, 125.356, 174.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.690, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Autophagy-related protein 13 分子量: 21319.652 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75143
#2: タンパク質	Autophagy-related protein 101 分子量: 24862.424 Da / 分子数: 8 / Mutation: K40A/K41A/E42A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG101, C12orf44, PP894 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSB4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 89076 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.124 / Net I/av σ(I): 16.467 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 317835

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.95-3	3.4	0.579	4283	0.956	0.355	0.682	0.567	94.4
3-3.06	3.6	0.504	4299	0.967	0.3	0.589	0.567	94.4
3.06-3.11	3.6	0.43	4341	0.975	0.257	0.503	0.561	95.6
3.11-3.18	3.6	0.366	4297	0.976	0.218	0.428	0.607	95
3.18-3.25	3.5	0.296	4384	0.984	0.178	0.347	0.669	96.2
3.25-3.32	3.5	0.227	4355	0.988	0.136	0.266	0.716	96.3
3.32-3.41	3.5	0.204	4407	0.99	0.124	0.24	0.715	96.5
3.41-3.5	3.5	0.185	4434	0.988	0.112	0.218	0.803	96.8
3.5-3.6	3.5	0.148	4387	0.992	0.089	0.174	0.768	97
3.6-3.72	3.5	0.123	4439	0.994	0.075	0.145	0.933	97.1
3.72-3.85	3.4	0.113	4432	0.993	0.07	0.133	1.019	97.9
3.85-4	3.2	0.099	4430	0.994	0.065	0.119	1.288	97.7
4-4.19	3.4	0.086	4547	0.995	0.055	0.103	1.284	99
4.19-4.41	3.4	0.079	4514	0.995	0.05	0.094	1.541	99.2
4.41-4.68	3.8	0.076	4569	0.996	0.046	0.089	1.585	99.8
4.68-5.04	3.9	0.074	4562	0.995	0.044	0.086	1.657	99.8
5.04-5.55	3.9	0.068	4570	0.996	0.041	0.079	1.503	99.7
5.55-6.35	3.8	0.075	4566	0.995	0.045	0.087	1.505	99.8
6.35-8	3.4	0.06	4611	0.996	0.038	0.071	1.662	99.8
8-50	3.8	0.048	4649	0.997	0.028	0.056	2.047	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XUY

5xuy

解像度: 2.95→35.782 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 43.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3128	1959	2.24 %
R_work	0.2861	-	-
obs	0.2867	87494	95.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.09 Å² / B_iso mean: 76.7525 Å² / B_iso min: 41.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.95→35.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23827	0	0	0	23827
残基数	-	-	-	-	3124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	24231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.585	32872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	3884
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.123	14494

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9473-3.021	0.4349	125	0.407	5475	5600	86
3.021-3.1026	0.4054	139	0.3763	5979	6118	93
3.1026-3.1938	0.3747	138	0.3725	6005	6143	94
3.1938-3.2969	0.3675	140	0.355	6060	6200	95
3.2969-3.4146	0.3137	139	0.3327	6009	6148	95
3.4146-3.5512	0.3568	138	0.3309	6049	6187	95
3.5512-3.7127	0.358	140	0.3105	6140	6280	95
3.7127-3.9082	0.3584	142	0.2952	6183	6325	97
3.9082-4.1527	0.2975	139	0.2742	6166	6305	97
4.1527-4.4728	0.2886	138	0.2679	6238	6376	97
4.4728-4.9219	0.2551	147	0.2535	6274	6421	98
4.9219-5.6317	0.3255	147	0.2577	6368	6515	99
5.6317-7.0863	0.3368	146	0.2777	6303	6449	98
7.0863-35.785	0.219	141	0.2224	6286	6427	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4114	-1.324	-0.0738	2.8324	1.5845	4.749	0.1369	0.0483	-0.3156	-0.4209	-0.3205	-0.9888	-0.4685	0.0779	-0.0485	0.4598	-0.1369	0.2966	0.3584	-0.081	0.9852	-80.7601	6.1152	61.1263
2	4.5586	-1.2024	-0.4552	4.9322	2.7259	4.8976	0.0459	-1.1301	-1.0494	0.7414	0.0996	-0.504	0.5899	-0.4686	0.2347	0.4464	-0.053	0.0323	0.8162	0.0957	1.1445	-89.3234	5.5963	78.6575
3	6.6787	-5.8296	-0.4781	7.6827	0.546	1.2413	-0.2574	-0.8357	-0.4288	1.2308	-0.2424	-0.6864	-0.0681	0.0638	-0.0393	0.6566	-0.1505	0.2077	0.3967	-0.0637	1.0439	-81.8935	12.4956	70.6359
4	2.9266	-0.9997	0.2424	3.3477	-0.8912	3.3605	0.2126	0.2521	-1.2092	-0.0497	-0.2949	-0.0129	0.3727	0.5526	0.05	0.509	0.0047	0.2006	0.689	-0.096	1.518	-77.043	-3.2416	60.7161
5	7.8173	5.48	-3.4396	3.9337	-2.9918	5.2422	-0.1368	-0.9132	-2.2631	-0.0715	-0.3847	-0.5731	2.2263	0.2739	0.6028	0.9661	-0.1148	0.2208	0.632	0.039	1.6564	-89.441	-17.2348	69.7432
6	2.1239	-0.659	-0.0199	0.4549	0.6805	2.7802	0.1154	0.7154	0.1108	-0.4685	-0.1428	0.0178	-0.7182	-0.3554	0.0313	0.8487	0.0185	-0.0074	0.5709	-0.1903	1.0432	-87.2876	5.0371	52.5024
7	2.7437	1.1461	-1.0751	4.3354	-0.8946	4.2151	0.1509	-0.0957	-0.3807	0.0835	-0.1003	0.4218	0.0032	-0.3921	-0.0329	0.4413	-0.0231	0.1844	0.365	-0.0319	1.1634	-93.1775	3.6227	66.2093
8	3.2191	0.1485	0.5227	3.5892	-0.0189	0.0853	-0.2904	-0.5374	-1.3281	0.6937	-0.0579	-0.075	0.6493	-0.1315	0.2703	0.7242	-0.1787	0.3045	0.5763	0.1706	1.4825	-86.877	-12.2154	73.6533
9	1.0155	-0.0689	-0.6861	0.4385	-0.4151	0.962	-0.6019	0.3742	-0.4526	-1.0365	0.6534	-0.6916	0.0732	-0.2261	0.2197	1.6192	-0.0018	0.161	0.5779	-0.2117	1.5472	-89.5008	-13.4688	56.7437
10	6.0755	4.7314	-3.2783	6.8398	-5.6256	7.33	-0.3704	0.4535	-0.4398	-0.651	0.1579	0.3812	0.3955	-0.2382	0.2855	0.6226	-0.0549	0.1937	0.7527	-0.2247	1.3008	-92.8981	-0.7174	55.8242
11	6.6651	1.0828	0.7493	3.8383	-0.0143	6.2915	-0.1295	-0.1213	1.0107	-0.5248	0.2934	0.8261	0.4109	-0.1915	-0.1836	0.4996	-0.1131	-0.0204	0.6275	-0.2664	1.7176	-112.5123	8.2924	68.8812
12	2.5503	1.4776	0.604	3.4289	0.286	1.8907	0.014	-0.3485	-0.2083	0.0698	0.0525	-0.0328	0.0306	0.0855	-0.0896	0.4917	-0.0777	0.2246	0.3954	-0.1377	1.1231	-96.1013	14.1519	71.8242
13	1.2016	-0.6935	0.7514	2.1435	0.4491	0.9076	0.3852	-0.1436	0.3804	0.5013	-0.2258	1.0386	0.1754	-0.074	-0.2218	0.6639	-0.1108	0.2153	0.6503	-0.1435	1.5856	-112.676	18.7539	70.0677
14	6.9378	3.4381	-3.5018	7.2834	-4.8604	4.0761	-0.284	-0.4131	-0.6902	0.2683	-0.1788	0.4244	0.7088	-0.7198	0.5075	0.7503	-0.1465	0.2305	0.506	-0.0579	1.296	-109.0152	-1.5429	70.0539
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 32 )	A	7 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 42 )	A	33 - 42
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5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 82 through 96 )	A	82 - 96
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8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 143 through 154 )	A	143 - 154
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10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 169 through 190 )	A	169 - 190
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 162 through 189 )	H	162 - 189
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 190 through 210 )	H	190 - 210
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'I' and (resid 7 through 58 )	I	7 - 58
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resid 59 through 115 )	I	59 - 115
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 116 through 190 )	I	116 - 190
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'J' and (resid 1 through 22 )	J	1 - 22
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'J' and (resid 23 through 99 )	J	23 - 99
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64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 134 through 161 )	J	134 - 161
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66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 193 through 207 )	J	193 - 207
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68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'K' and (resid 33 through 69 )	K	33 - 69
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'K' and (resid 70 through 96 )	K	70 - 96
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72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'K' and (resid 143 through 154 )	K	143 - 154
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75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'L' and (resid 1 through 13 )	L	1 - 13
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81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'L' and (resid 162 through 176 )	L	162 - 176
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'L' and (resid 177 through 189 )	L	177 - 189
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'L' and (resid 190 through 209 )	L	190 - 209
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'M' and (resid 6 through 58 )	M	6 - 58
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'M' and (resid 59 through 115 )	M	59 - 115
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'M' and (resid 116 through 142 )	M	116 - 142
87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'M' and (resid 143 through 190 )	M	143 - 190
88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'N' and (resid 1 through 69 )	N	1 - 69
89	X-RAY DIFFRACTION	89	chain 'N' and (resid 70 through 99 )	N	70 - 99
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103	X-RAY DIFFRACTION	103	chain 'P' and (resid 193 through 207 )	P	193 - 207

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